הפקודות הראשונות לביצוע הטבח התקבלו מעט לפני השעה 4:00 לפנות בוקר, בדיוק הבוקר (שלישי) לפני חודש. כל מי ממחבלי חמאס שהתכונן להגיע למרכזי האימונים ולא להגיע למסגדים – קיבל הנחיה להגיע להתפלל. שעה לאחר מכן הפציע השחר, ופקודות נוספות הגיעו. הפקודות האלה כבר היו ישירות יותר – והועברו מפה לאוזן: הביאו את כל הנשקים שלכם וכל תחמושת ואמצעי לחימה שתוכלו לנקודות ספציפיות שצוינו.
חודש בדיוק לטבח הנורא של ארגון הטרור חמאס ביישובי עוטף עזה, הגרדיאן הבריטי מתאר את ההכנות האחרונות לפני המבצע, ואת הסודיות הגדולה שבה נשמרו ממש עד לרגעים האחרונים. הדיווח מבוסס בעיקר על שיחות עם גורמי ביטחון ישראליים ועל חקירת מחבלי חמאס שנתפסו, ומעיד כי מאות מבין הרוצחים שהשתתפו בטבח – לא היו מודעים כלל לתוכנית עד לרגעים האחרונים.
בשעות שלפני הטבח היו הפרטים ידועים רק לכמה מפקדים בכירים בזרוע הצבאית של חמאס. ההחלטה הזאת, באופן טבעי, נועדה להטעות את המודיעין ומערכות הביטחון בישראל. בין השעות 05:00 ו-06:00 החלו ההוראות לעבור לאלפי מחבלי חמאס. תחילה הן הגיעו לכמאה בני אדם, ובהם מפקדי הגדודים של הזרוע הצבאית של חמאס, ומשם למפקדים של חוליות של 30-20 מחבלים. בשלב הזה החלו ההנחיות לעבור מפה לאוזן בקרב אלפים מתושבי רצועת עזה – ורבים שאינם נמנים על כוח הנוח'בה של הזרוע הצבאית של החמאס הצטרפו למחבלים.
רק כאשר התאספו אלפי המחבלים בנקודות הכינוס – חולקו להם תחמושת נוספת ואמצעי לחימה מתקדמים יותר. בתוך זמן קצר החזיקו חוליות הרצח והטבח בטילי נ"ט, מקלעים כבדים, רובי צלפים, מטענים, רימונים ועוד כלי נשק שאינם מחזיקים באופן פרטי בימי שגרה.
בשעה 6:00 בבוקר התקבלו ההוראות הסופיות – השמש כבר עלתה, והמחבלים התקדמו לנקודות שמהן יצאו לעבר החורים והפרצות שנפערו במיוחד עבורם בגדר הגבול. יחד עם אלפי מחבלי הנוח'בה והאזרחים הנספחים שהצטרפו אליהם – התווספו עוד רבים ממחבלי הג'יהאד האיסלאמי, שלא היו מעודכנים כלל בפרטי התוכנית, ונחשפו אליהם יחד עם שאר תושבי הרצועה בדקות שלפני תחילת המתקפה.
כל חוליה של מחבלים קיבלה משימה ספציפית ויעד להתמקד בו: בסיס צבאי, עיר, קיבוץ או מושב, וכן קטע דרך או כביש באזור העוטף. כפי שכבר נחשף, לרובן ככולן של חוליות הרצח היו עזרי מודיעין מתקדמים ומפורטים, לרבות מפות, מחשבי לוח ומודיעין שנאסף בחודשים שקדמו לטבח על ידי פלסטינים שעבדו כחוק בישראל. בניגוד למודיעין המפורט שהיה למחבלים על מוצבי צה"ל ויישובי העוטף - ניכר כי הטבח במסיבת הטבע ברעים היה לא מתוכנן.
חוליות הטבח התחלקו לשלוש משימות עיקריות שניתנו להן מבעוד מועד:
- פגיעה ישירה בבסיסי צבא ובמוצבי צבא, וכן בקיבוצים, ערים ומושבים. מחבלים שנתפסו ונחקרו בישראל אמרו במפורש כי קיבלו הוראות לרצוח כמה שיותר אזרחים וחיילים.
- התמקמות בקטעי דרך וצירים מרכזיים באזור – במטרה לארוב לכוחות התגבורת והחירום הישראליים שהיה ברור כי יישלחו לאזור בכמויות גדולות. אותם מארבים פגעו בכוחות צה"ל, בכוחות ההצלה ובפרט באנשי מגן דוד אדום ובאחרים שהגיעו לאזור בגלי התגבור השונים בשעות שלאחר תחילת הטבח.
- החוליות מהסוג השלישי תוכננו ויועדו מלכתחילה לתפוס כמה שיותר חטופים – גם חיילים וגם אזרחים – ולהעבירם בהקדם לרצועת עזה. אותן חוליות – מראש תוכנן לאילו מנהרות בעומק רצועת עזה הן יובילו את החטופים וכיצד ובאילו תנאים יחזיקו בהם.
גורמי ביטחון רשמיים בישראל מאמינים כי ההנהגה הפוליטית של חמאס בחו"ל, כמו למשל איסמאעיל הנייה וסאלח אל-עארורי, לא היו מודעים לפרטי התוכנית, וכך גם לא המדינות התומכות בחמאס ברחבי המזרח התיכון כמו איראן וקטר. למרות זאת, הסברה הרווחת היא הללו "היו מודעות לתוכנית כללית שאמורה לצאת לפועל". מקור המקורב לחמאס אמר לסוכנות רויטרס לפני כמה שבועות כי רק "מעגל מאוד מצומצם" היה מודע לתוכנית – וכי היא נכתבה באופן ישיר בידי יחיא סינוואר ומוחמד דיף.