אחרי שמחאת הימין נגד תת-אלוף ניצן אלון, מפקד אוגדת יהודה ושומרון, הגיעה ממש לפתח ביתו - קיבל הערב הקצין את גיבויו של הרב יוסף שלום אלישיב בסוגיית ביקורי המתפללים בקבר יוסף שבשכם שנעשים ללא תיאום. בסיום הפגישה בין השניים, שנערכה בבית הרב בירושלים, פסק הרב אלישיב כי הביקורים בקבר ללא אישור צה"ל מהווים "הפקרות וסכנת נפשות ומסכנים את המתפללים ואת חיילי צה"ל".
הרב אלישיב ותא"ל אלון נועדו, בין היתר, על רקע העימות שפרץ במהלך אחד הביקורים הלא-מתואמים של מתנחלים במקום עם לוחמי צה"ל והסתיים בהאשמות קשות נגד אלון, שלפיהן הורה לנהוג ביד ברזל נגד המתפללים בשל עמדות שמאלניות, לכאורה.
בפגישה בין הרב לבין מפקד אוגדת איו"ש סביר כי עלתה גם הסוגיה שהוצגה בכתבה ששודרה בסוף השבוע האחרון בתכנית "אולפן שישי", אודות התנכלויות אנשי ימין וההסתה נגד תא"ל אלון.
בימין לא מתלהבים: "אלון הופך ליותר פוליטיקאי ופחות איש צבא"
בעקבותיה, מיהר ראש הממשלה בנימין נתניהו להגן עליו - ובהודעה מטעמו פרסם: "אני רואה בחומרה את ניסיונות הפגיעה באנשי ציבור וצבא. אנשי הציבור והצבא שומרים על החוק, פועלים על פיו וממלאים אחר מדיניות הממשלה. ממשלת ישראל תפעל בחומרה נגד כל ניסיון לפגוע בהם".
בחלק מחוגי הימין לא התקבלו הערב הפגישה והסיכום בין אלון לבין הרב אלישיב בברכה. פעיל הימין איתמר בן-גביר אמר בשיחה עם חדשות 2 באינטרנט: "הביקור של ניצן אלון בביתו של הרב מהווה חלק מהקו שהוא נוקט - של להיות יותר פוליטיקאי ופחות איש צבא". גורם צבאי אישר כי הפגישה בין השניים אכן התקיימה. מדובר צה"ל נמסר כי "אין אנו נוהגים לפרט על הנאמר בשיחות סגורות מסוג זה".