כוחות ההנדסה של צה"ל מסכלים יום-יום את איום המנהרות בתוך רצועת עזה ומשמידים אותן. באמצעות שימוש בכלים הנדסיים כמו D-9, כוחות ההנדסה פורצים דרכים, מטפלים במטענים והורסים מבנים שמפריעים להתקדמות שלהם. יחד עם יחידת יהל"ם שמטפלת בעיקר באיום התת-קרקעי - מאתרים הכוחות את המנהרות, ומשמידים אותן.
עוד לפני השמדת המנהרות, הצבא מדי פעם נתקל ברקטות ובטילי נ"ט במהלך הפעילות שלו, ומשמיד גם אותם. למעשה אין לצבא הפתעה, לצה"ל היה מידע די טוב על מפת המנהרות של חמאס, אבל כשהכוחות נכנסים לשטח הם רואים כמה פרויקט המנהרות גדול ומפותח, ולכן זה גם לוקח זמן והתהליכים ארוכים. צה"ל מכיר את היכולות האלו של חמאס ונותן להן מענה מבצעי, ומאז שהחלה הכניסה הקרקעית הצבא לא נתקל בהפתעה שעיכבה אותו בתמרון.
כך למשל, בפעילות של לוחמי צוות קרב מחטיבה 460 לאיתור תשתיות תת-קרקע ולהשמדתן, פשטו הלוחמים על מוצב אימונים בצפון רצועת עזה של ארגון הטרור חמאס. מתחת למוצב אותרו מנהרות, ולאחר חשיפתן בוצעה השמדה של הפירים במוצב.
לאחר טיפול באותם האיומים, ולאחר השתלטות על השטח ואיתור אלפי פירים שמובילים למנהרות, מתחיל הטיפול בהן. החמאס בנה במשך שנים תשתיות מבוצרות מתקדמות מאוד ואת חלק מהן כבר תקפו מהאוויר. הפגיעה מהאוויר קוטעת את המנהרה אבל לא משמידה אותה לכל אורכה, ולכן יש להבדיל בין נטרול להשמדה שלה שנעשים באמצעים טכנולוגיים שונים.
כעת מטפל הצבא בניתוק המנהור בין צפון הרצועה לדרומה. עד כה, מתחילת הלחימה, הושמדו 130 פירי מנהרות. המטרה לנתק את החיבור בין האזורים ולהביא לתנועה של הפעילים ממקום למקום. יש מקומות שמשתמשים בהם בכלים לא מאוישים כדי לצמצם סיכוי לאבדות בכוחותינו. ובכל זאת, עדיין צריך לשאול כמה שאלות.
אילו הערכות מוקדמת עשו במודיעין פיקוד הדרום ובמפקדת קצין ההנדסה הראשי בהיבטים של ידע ומידע על יכולות המנהור של חמאס? ומה לגבי מידע על הרשת הגדולה של המנהרות שבנה החמאס, מידע על העומק ועל פיתוח הטכנולוגיות והאמצעים שמאפשרים השמדה מהירה של מנהרה?
אי אפשר להתעכב על כל מנהרה שעות וימים, יש קושי להשמיד את המנהרות ולמעשה אין זמן. בצה"ל לא יודעים בשלב הזה לומר כמה מתוך כל המנהרות של החמאס שמתחת לקרקע ונאמדים באורך של כ-500 ק"מ, כבר הושמדו. בסופו של דבר, אפשר לומר שצה"ל לא נערך מספיק נכון וטוב בשנים האחרונות לטיפול מערכתי רחב היקף במנהרות, וזאת כי לא היה תרחיש לכניסה לעזה כפי שמתרחשת כעת ולמלחמה בהיקף כזה.