עשרות פורעים יהודים פרצו אמש (שני) לכפר הפלסטיני פונדוק במערב השומרון והחלו במסע הרס והצתות. במהלך ההתפרעות האלימה, המתנחלים הציתו שלושה מבנים השייכים לתושבי הכפר, טרקטור המשמש לעבודה חקלאית וכלי רכב פרטי. כוחות צה"ל ומשמר הגבול הוזעקו למקום מיד עם קבלת הדיווחים הראשונים על ההתפרעות ופועלים לפיזור המתפרעים.
על פי דיווח של מד"א, שני פצועים כבני 20 במצב קשה ואנוש פונו מהזירה. הפציעות נגרמו ככל הנראה מירי שוגג של שוטר, שירה לאוויר במטרה להרחיק מתפרעים לאחר שרוסס בגז פלפל.
המבנים שהוצתו עלו באש, וכוחות הביטחון פרוסים במרחב במטרה למנוע הסלמה נוספת של המצב. במקביל, הכוחות פעלו לפיזור המתפרעים ולמניעת התפשטות האלימות לאזורים נוספים. גורם צבאי אמר אמש: "בשעה זאת מתקיימות הפרות סדר אלימות באזור פונדוק שבחטיבת אפרים. כוחות צה"ל ומג״ב קפצו למרחב עם קבלת הדיווח ופועלים לפיזור הפרות הסדר. מוכרות הטענות על הצתות של מבנים פלסטינים במרחב".
בתוך כך, צוות מרכז במחלקה לחקירות שוטרים הגיע הלילה לזירת האירוע בפונדוק וחקר באזהרה את השוטר שירה בשני רעולי הפנים. בתום החקירה שוחרר השוטר למעצר בית עד ליום שישי, הורחק ל-8 ימים מתחנות המשטרה וממתקנים משטרתיים, ונאסר עליו ליצור קשר עם המעורבים באירוע.
בפיגוע הרצחני לפני כשבועיים בכביש 55 סמוך לפונדוק נרצחו רס"ר אלעד יעקב וינקלשטיין ז"ל, שוטר ואב לשלושה ילדים מעין הנצי"ב, ורחל כהן בת ה-73 ועליזה רייז בת ה-70 ז"ל, שתיהן תושבות קדומים. בנו של אלעד ז"ל ישב ברכב, וראה את אביו נרצח מול עיניו.
מחקירת האירוע עלה כי שלושה מחבלים פתחו באש לעבר שני רכבים ישראלים ולעבר אוטובוס ישראלי
בחטיבת אפרים, סמוך ליישוב קדומים. לאחר ביצוע הירי המחבלים נכנסו לרכביהם, כאשר תושב עמנואל שנכח במקום, עמי ברבר, ירה עליהם והם נמלטו לכפרים באזור. שניים מהמחבלים הגיעו מאזור ג'נין וקבאטיה שבצפון השומרון. המחבלים היו חמושים בנשקים ארוכים וביצעו ירי מטווח קרוב על הרכב ולאחר מכן ירו גם על האוטובוס. בהמשך, כשבוצע עליהם ירי, הם החלו לברוח מהמקום ובמקביל ירו על רכב נוסף בו היה שוטר.