גורמים בצה"ל טענו כי "אנשי מבקר המדינה, שחוקרים את אירועי 7 באוקטובר, פועלים בניגוד להסכם שקבע בית המשפט העליון. קצינים תוחקרו והתבקשו לענות על שאלות החורגות מהתיחום שפסקו השופטים", כך פרסמנו אמש (ראשון) לראשונה ב"מהדורה המרכזית".
בפסיקתו, בית המשפט קבע נוסח שמאזן בין התחקיר שמבצע הצבא לצורכי למידה לבין צורכי מבקר המדינה מתניהו אנגלמן. למרות הטענות שהעלו נגד אנשי המבקר, בצה"ל מתכוונים להשלים את התחקירים ולשתף פעולה עם החקירה ולהציג את כל מסקנותיה גם לציבור וגם למבקר המדינה.
בשיחות סגורות אנשי מבקר המדינה הודו שלפחות בשני מקרים, הקצינים אמרו אמת ואכן הייתה חריגה מן השאלות המותרות. לטענתם, לאחר מכן החוקרים מטעם מבקר המדינה לקחו צעד לאחור כאשר העירו להם על כך.
תגובת משרד מבקר המדינה: "פגישות בין המשרד לנציגי צה"ל יתקיימו עד כה רק בנושאים שסוכמו במתווה. ככל שהכוונה לביקורת על המסיבה בנובה - צר לנו שצה"ל לא רואה לנכון עדיין לעת הזו לתת מענה על המחדל. לצערנו גם בנושאים המוסכמים במתווה נציגי הרמטכ"ל מערימים קשיים, כפי שהמבקר פירט במכתבו (לרמטכ"ל) בשבוע שעבר".
לפני כשבוע אנגלמן שלח מכתב לרמטכ"ל רב-אלוף הרצי הלוי, שבו טען כי צה"ל "מהלך אימים" על עדים בתחקיר המבקר על 7 באוקטובר. אנגלמן ציין במכתבו מקרים שבהם "התנהלות לשכת הרמטכ"ל פוגעת בהליכי הביקורת ומשבשת אותם, בניגוד לנוהג של ביקורות המדינה בכל הגופים המבוקרים ובכללם צה"ל במשך עשרות שנים".
במכתב, שנשלח גם לשר הביטחון ישראל כ"ץ, כתב אנגלמן שנציגיו התלוננו שגורמים בכירים מטעם לשכת הרמטכ"ל וסגנו נוכחים בפגישות הביקורת עם הדרגים בשטח - ושככל שהגורם שבא לפני המבקר הוא בכיר יותר, כך משתנה בהתאם דרגתו של הנציג, שאף מתעד את הפגישות באופן ידני ומקליט את הנאמר בהן, "על דעת עצמם וללא כל תיאום מוקדם למול נציגי הביקורת ואף מבלי ליידע אותם".