אם חמש השנים בהן חיכו משפחות נפגעי רמדיה לפתיחת המשפט בעניינם לא הספיקו, בית המשפט קבע הבוקר שהן יחכו עוד ארבעה חודשים. פרשת רמדיה הגיעה הבוקר לראשונה לבית המשפט המחוזי בפתח תקווה שם נפתח המשפט הפלילי נגד חברת בכירי חברת רמדיה שמואשמים בגרימת מותם ברשלנות של שני תינוקות ולפגיעה בעוד כ-20 תינוקות נוספים שניזונו מפורמולת "רמדיה צמחית". אנשי משרד הבריאות מואשמים בכך שלא ביצעו את תפקיד הפיקוח שלהם כראוי. אולם השופטת דחתה מועד את המשפט.
בדיון, שערך כשעה וחצי, ביקשו פרקליטי הנאשמים לדחות את תחילת המשפט בכדי שיוכלו ללמוד היטב את חומר הראיות. בית המשפט נעתר לבקשה ודחה את פתיחת המשפט למרס הקרוב. הורים של נפגעי רמדיה שהיו בבית המשפט הביעו את כאבם על ההחלטה, אך אמרו שהם מאמינים במערכת המשפט.
"אני מקווה שזה יהיה משפט צדק עם התוצאות המיוחלות", אמרה הבוקר לפני פתיחת הדיון אמו של אחד מ"נפגעי רמדיה". "אני מקווה שכל אחד יבוא על עונשו". ליאור סלפטר הוא אביה של חן, כיום בעלת פגיעה מוחית קשה ביותר. "החיים שלנו נעצרו ב-2003 אז אולי הגיע הזמן שהמדינה תיתן את העונש למי שמגיע לו", אמר. הלל בוייר, אביה של נילי שנפגעה גם היא בעקבות הוויטמין החסר אמר לחדשות 2 באינטרנט: ". "הם לא רוצים לראות את הפרצופים שלנו באולם כדי לא לראות את הפרצופים של הילדים שלנו מולם".
ברמדיה כבר התפשרו בשנים האחרונות על פיצויים, במסגרת הליך אזרחי, למרבית מהנפגעים, תוך הסתייגות החברה בכתובים מכל אחריות אזרחית לפרשה. מספר מקרים בהם פסקו מומחי החברה כי אין קשר סיבתי בין פגיעת הילדים לצריכת הרמדיה הצמחית עדיין מתבררים בבתי המשפט, ובמקביל מקודמת במליאת הכנסת הצעת חוק של ח"כ אריה אלדד הקוראת להעניק חסינות מסוימת מפני משפט פלילי לעובדי מדינה.
בחודש מאי השנה הוגשו כתבי אישום נגד שלושה מבכירי חברת המזון לתינוקות ונגד חמישה עובדים במשרד הבריאות. העבירה המיוחסת לעובדי רמדיה היא גרימת מוות ברשלנות, ולעובדי משרד הבריאות "ביצוע מעשה העלול להפיץ מחלה", בגין מילוי תפקידם בדרך רשלנית לכאורה, ותוך הפרת חובתם המקצועית. העובדת הבכירה ביותר שהואשמה בפרשה היא הדוקטור דורית ניצן קלוסקי, שכיהנה כראש מנהלת שירות המזון.
פרשת רמדיה נחשפה ב-7 בנובמבר 2003, לאחר שפעוטות רבים הופנו לחדרי מיון בבתי חולים עם ליקויים קשים בהתפתחות מערכת העצבים. בתחילת שנת 2003 פותחה אבקת "רמדיה סופר סויה 1" בחברת הומנה הגרמנית. המוצר הכיל רכיבים מהצומח בלבד ולכן נחשב פרווה, נתון שהקל על צרכנים שומרי כשרות ותינוקות שסובלים מרגישות לחלב.
חברת הומנה מסרה דוח למשרד הבריאות בו דיווחה על כשלים בהליך הפיתוח של המוצר שגרמו לכך שריכוז רכיב התיאמין במוצר היה נמוך בהרבה מהקצובה היומית המומלצת. בנוסף היו כשלים בקרת האיכות הפנימית שגרמו לכך שהמינון הנמוך לא אותר בבדיקות בקרת האיכות. רמדיה האשימה את חברת הומנה הגרמנית, שיצרה את תחליף החלב עבור רמדיה, כי הפחיתה בכמות הוויטמין בלי ליידע אותה.
במהלך החודש שקדם לחשיפת הכשל, הגיעו מספר הורים לפעוטות עם תסמינים נוירולוגיים שונים למרכזים רפואיים ברחבי הארץ. התסמינים כללו אפתיה, פרכוסים ועוד אך לא הצביעו על תחלואה מסוימת. כמו כן, בשל הפיזור ברחבי הארץ לא התקבלה תמונה של מכנה משותף בין הפונים השונים. לאחר שמספר רופאים פנו אובדי עצות למשרד הבריאות פורסמה בכלי התקשורת הודעה לפיה קיימת סכנה להתפרצות מחלה נוירולוגית והורים שהבחינו בתסמינים אצל ילדיהם הוזמנו להבדק בתחנות טיפת חלב הקרובות למקום מגוריהם. עם זאת לא היה לרשויות קצה חוט לחקר הפרשה והייתה תקווה שבמחקר על כמות גדולה יחסית של ילדים תתקבל תמונה ברורה יותר.
דוקטור אביבה פתאל, נוירולוגית ילדים מהמרכז הרפואי ת"א, שמה לב כי תסמיני הליקויים תואמים את תסמיני מחלה הנגרמת ממחסור בוויטמין B1 (תיאמין). היא העלתה השערה שמקורו של הליקוי הוא בתזונת התינוקות. כך גילתה עד מהרה כי הגורם המשותף לכל אותם פעוטות היה כי ניזונו באופן בלעדי מתחליף חלב צמחי שהוכן מאבקת "רמדיה סופר סויה 1", המיועדת לתינוקות עד גיל שנה.
בבדיקות שהזמין משרד הבריאות לאחר הגילוי של ד"ר פתאל, נמצא כי שיעור הוויטמין במוצר אכן נמוך מהדרוש להתפתחות תקינה של מערכת העצבים בפעוטות. שני תינוקות נפטרו מן המחלה, ואחרים ניזוקו בצורה חמורה - חלקם עד היום נמצאים במצב של "צמח", וחלקם סובלים מפגיעות מוחיות קשות.