כאחד מבכירי הפזמונאים והפובליציסטים הישראלים, יהונתן גפן היה איש של מילים וטקסטים רבים. יצירתו לילדים ולמבוגרים, מ"איך שיר נולד" ועד "מקום לדאגה", עיצבה במידה רבה את הפסקול הישראלי ועמדה בלב הקונצנזוס התרבותי. לצד זאת, השקפתו ותפיסת עולמו הפוליטית היו שנויות במחלוקת ובעקבותיהן ספג תגובות נאצה לא אחת - עד התקרית ב-2015 שבה הותקף בביתו.
בפוסט שפרסם בחשבון האינסטגרם ב-2018 השווה גפן בין הפעילה הפלסטינית עהד תמימי שהכתה חייל, לבין אנה פרנק וחנה סנש. בדבריו כתב כי "ילדה יפה בת 17 עשתה מעשה נורא וכשקצין ישראלי גאה שוב פלש לביתה, היא דפקה לו סטירה. היא נולדה לתוך זה, ובסטירה הזאת היו 50 שנה של כיבוש והשפלות. ביום שבו יסופר סיפור המאבק, את - עהד תמימי - אדומת השיער, כמו דוד שסטר לגוליית, תהיי באותה שורה עם ז'אן דארק, חנה סנש ואנה פרנק".
גפן מצא עצמו במרכזה של סערה ציבורית בעקבות דבריו, כשבין היתר שר הביטחון דאז אביגדור ליברמן ניסה למנוע את השמעת שיריו וראיונותיו בגלי צה"ל. כתוצאה מכך, המשורר חזר בו והתנצל על דבריו: "עצם זה שהבאתי את אנה פרנק וחנה סנש לסיפור הזה היה טעות ואני מתנצל עליה מכל ליבי. עשיתי דבר די אידיוטי ומטומטם, לא הייתי חוזר עליו אף פעם. לא רציתי בכלל לפגוע בזכר השואה - תאמינו לי, אין פטריוט ישראלי יותר ממני. אני חושב שכל מה שעשיתי היה מתוך רצון לומר לציבור שגם הפלסטינים בוראים לעצמם גיבורי תרבות משלהם".
חודשים בודדים אחרי שיר ההלל לתמימי, עורר גפן סערה נוספת כשאמר בריאיון ל"אולפן שישי" כי הוא מבין לליבם של פלסטינים שהופכים לשהידים: "אני יכול להבין בן אדם שנרמס במשך 50 שנה ובוחר להפוך לשהיד ולבקר את הבתולות בשמיים. אם 50 שנה, כל יום, היו דופקים לי על הדלת ובאים עם נשק עוזי לתוך הבית שלי, אם הילדים שלי היו נעצרים על בסיס יומי. אני יכול להבין אותם". כשנשאל אם הוא מבין כי פלסטינים מנסים לרצוח יהודים, השיב גפן: "המתאבד הראשון היה יהודי ושמו שמשון הגיבור. אני לא יודע לכמה טירוף אתה יכול להגיע כשאתה פליט במשך 50 שנה".
מרבית מהביקורת של היוצר הופנתה בעשור האחרון כלפי ראש הממשלה נתניהו והקיפאון בזירה המדינית. "אם היה שכל, ואם פניו של נתניהו היו לשלום, הוא היה אומר: 'יש לי הערכה לילדה הזאת, שבאומץ רב סטרה לחייל'", אמר היוצר בעניין תמימי באותו הריאיון. אך גפן לא בחל במילים ובהזדמנות אחרת הסתבך באמירה הזכורה כי "האח הלא נכון נהרג" בהתייחסותו ליוני נתניהו, אחיו של ראש הממשלה, שנהרג במבצע אנטבה. בריאיון קודם ל"אולפן שישי" טען כי "ביבי נתניהו אוהב את חמאס אפילו יותר מאשר הוא אוהב את השואה".
הביקורת הנוקבת כלפי נתניהו לא הסתיימה כאן. ב-2020, עם פרסום מדגמי הבחירות לכנסת ה-23, גפן העלה פוסט לחשבון האינסטגרם שלו ובו תמונה של ראש הממשלה מנשק את רעייתו שרה בחגיגת הניצחון של הליכוד. על כך כתב: "אהבה בימי קורונה. כמה עצב אחרי נאום הניצחון של טרזן מלך הקופים. טרזן לא עוזב אותנו, ואני מתנצל אם פגעתי בקופים", כשהוא רומז למצביעי הליכוד. לאחר כמה שעות הפוסט הוסר.
גפן, שמעולם לא חשש להביע את דעתו בפומבי גם במחיר של איומים וגידופים, הותקף בביתו ב-2015 בידי אלמוני שצעק לעברו "שמאלני בוגד", הכה אותו בפניו והשליך ביצים לעברו. גם לאחר התקרית, המשיך גפן להביע את עמדתו הנחרצת, גם אם זו לא תמיד התקבלה בברכה, ומעל הכול המשיך ליצור ולהעלות מופעים מוזיקליים, בהם "דויד ויהונתן" לצידו של דויד ברוזה, וכן הגיש בטלוויזיה החינוכית את הסדרה הדוקומנטרית "העולם עצוב אז צוחקים" על תולדות ההומור והסאטירה הישראליים.