מוקד פוטנציאלי נוסף עלול להעמיק את המשבר בין ישראל לארצות הברית סביב הפעולה ברפיח ועיכוב החימושים. בתשעת הימים האחרונים שר האוצר בצלאל סמוטריץ' מסרב להעביר סכום של 170 מיליון שקלים לרשות הפלסטינית – מדובר בכספי סילוקין, החזרי מס פלסטינים שנמצאים בידיים ישראליות.
כספי הסילוקין הם החזרי מס על עבודת פועלים ותנועת סחורות שישראל מעבירה מדי חודש לרשות הפלסטינית, ומהווים 65% מהתקציב השנתי שלה. הסכום עומד כל בין 750 ל-800 מיליון שקלים, כאשר כ-120 מיליון שקלים מתוכם מיועדים לעזה. חלק ניכר מהסכום משמש לתשלום משכורות לעובדי הרשות הפלסטינית, ובפרט כ-30 אלף אנשי מנגנוני הביטחון הפלסטיניים.
עיכוב כספים אלה עלול להזין את המתיחות ההולכת וגואה בין ישראל לארצות הברית, שמאוד חוששת מקריסה של הרשות ומבקשת מישראל לעשות הכול כדי למנוע זאת. מקור פלסטיני אמר לחדשות 12 כי "ישראל שוב מחזקת את חמאס ומחלישה את הרשות הפלסטינית". גורמים בסביבת סמוטריץ' אמרו: "הרשות הפלסטינית מובילה מהלכים חד-צדדיים ונלחמת משפטית נגד מדינת ישראל. מי שפועל נגד לוחמינו ומפקדינו בהאג לא צריך לקבל שום סיוע".
במהלך החודש השני למלחמה, הרשות הפלסטינית סירבה לקבל את כספי הסילוקין, לאחר שהוחלט לקזז את הכספים שמיועדים לעזה בשל מתקפת 7 באוקטובר. בסוכנות הידיעות הטורקית אנדולו פורסם מפי מקורות רשמיים ברשות הפלסטינית כי "הוחלט שלא לקבל את כספי המיסים שלא במלואם, כי קיזוז הכספים שמגיעים לעזה - משמעם חיזוק ההפרדה בין הגדה לעזה".