למבצע המסובך שיצא הלילה לפועל קדמה עבודת מודיעין מעמיקה, על שלל יחידות החייל, שסייעה באיתור הספינה, יירוט המסלול שלה וסימונה לכוחות הפועלים בשטח. חיל האוויר פעל רחוק מאוד מהשטח הטריטוריאלי של ישראל, ולכן היה זקוק לאינפורמציה מדוייקת ככל שניתן.
למבצע הזה קדם חישוב שלם של מערכת סיכונים ומשתנים, גם משום שבימים האחרונים שררה סערה בלב ים. יציאת כלי השייט למבצע דרשה אישור מיוחד של מפקד חיל הים, וגובה הגלים בלב הים היה ארבעה מטרים וחצי. בנוסף צריך היה לקחת בחשבון את התנועה האזרחית בים למול ההחלטה שמקבלים לעלות על כלי השייט הנכון.
פצצות מרגמה, רקטות כבדות
עם תחילת המבצע נערכים הלוחמים גם בהתאם לכך שכלי השייט מהם הם יוצאים מטלטל - וכך גם כלי השייט אליו הם עולים.
מבחינת אופי האמל"ח שנתפס על הספינה: פצצות מרגמה מקטרים שונים, רקטות כבדות מאוד בקוטר 106, 107, 120 ו-122 מילימטרים. האמל"ח הוסווה במכולות באמצעות שקים של פוליאתילן, המונעים את השתקפות האמל"ח במכונות השיקוף של הנמלים ברחבי העולם.
מיוחד: לוחם השייטת לשעבר גדי סוקניק על מבצע תפיסת ספינת הנשק