תהליך קבלת ההחלטות של ראש הממשלה נתניהו והצמרת המדינית ביטחונית בנוגע למשט המרמרה היה רצף של מחדלים - כך קובע מבקר המדינה בדוח בנושא שפורסם בצהריים: לא התנהל דיון מכין ראוי, המל"ל לא שותף, הצבא לא הציג את ההשלכות של מבצע ההשתלטות על הספינה ומערך ההסברה הלאומי כשל