כיפת ברזל התמודדה היום עם אחד האתגרים הגדולים שלה, התמודדות עם פצצות מרגמה. המרגמות מופעלות בידי חוליות יורים לטווחים של 4-8 ק"מ מגבול הרצועה. הטווחים הקצרים וזמן המעוף הקצר הם הסיבה העיקרית לקושי ליירט את הפגזים, החמאס והג'יהאד האיסלמי מבינים זאת. במערכות הוכנסו כמה שינויים שנועדו להתמודד עם האיום