דגן חזר על עמדתו הקבועה לפיה תקיפה ישראלית באיראן הינה טעות אסטרטגית. "בעיקרון זה נכון למדינת ישראל להסתייג מכך שלאחד מאויביה יהיה נשק גרעיני. אבל הפצצה היא אמצעי שישיג במקרה הטוב השהייה, על פי מחקרים, לשלוש שנים. האם זו תקיפה שבשבילה שווה לישראל להיכנס למלחמה אזורית? עימות עם החיזבאללה, מעורבת במלחמה עם איראן ויש להניח שהסורים יצטרפו לחגיגה. אתה יודע איך זה מתחיל ולא איך זה יגמר. אני חושב שהשימוש בה צריך להיות אופציה אחרונה".
לשאלתו של אילון על עצם הדיון בנושא אמר דגן: "אני חושב שבחברה דמוקרטית צריך שיהיה דיון ציבורי בכל שאלות היסוד. למה מותר לדון כשהחמאס יורה קטיושות? למה זה לגיטימי לדון בבעיה הפלסטינית? אם כשהייתי בתפקיד הייתי מקבל הוראה חוקית לתקוף באיראן בניגוד לדעתי הייתי עושה את זה. אבל מהות החברה הדמוקרטית הוא דיון ציבורי ולכן אני חושב שבכל נושא שתהיה לי עמדה ויראה לי שהוא חשוב לביטחון המדינה, לא אשתוק".
