עדויות קשות שמגיעות בימים האחרונים מהחטופים ששוחררו משבי חמאס חושפות את התנאים הבלתי אנושיים שבהם מוחזקים אזרחים ישראלים במנהרות ברצועת עזה.
לאחר שחרורם של אוהד בן עמי, אלי שרעבי ואור לוי, חמאס פרסם סרטון שבו נראים שלושת החטופים כשהם במנהרה לפני ששוחררו לישראל ממרכז הרצועה. נראה שמדובר בחלק מהמנהרה שבה השלושה הוחזקו וייתכן שבה מוחזקים עוד מספר חטופים ישראלים.
על פי משפחות החטופים וגורמי ביטחון, אחד מהחטופים זכר כל רגע מהשבי, איפה היה ואת מי הוא פגש. בין השאר נודע שהחל מנובמבר הם הוחזקו מתחת לקרקע, אחרי שחמאס פקד על אנשי "יחידת הצל" של חמאס שמחזיקה בחטופים, להוריד למנהרות את החטופים בכל מקום וזמן שזה אפשרי.

אחרי למעלה מ-400 ימי לחימה, לחמאס נשארו עוד קילומטרים רבים של מנהרות, רובן באזור מחנות המרכז, שם צה"ל לא תמרן וכמעט ולא תקף, מחשש לפגיעה בחטופים.
נכון לשנת 2025, הערכת מספר המנהרות שנשארו לחמאס ברצועת עזה משתנה בהתאם לדיווחים ובדיקות של מערכת הביטחון וצה"ל. הצבא הצליח להשמיד מאות קילומטרים של מנהרות, במיוחד כאלה שהוגדרו כאסטרטגיות. אבל גם נכון להיום, חמאס עדיין מחזיק במערכת נרחבת של מנהרות טרור ברצועת עזה, כשישנם פערים בין ההערכות שונות בנושא.
על פי המידע שיש לצה"ל, מיד עם תחילת התמרון הקרקעי חמאס הוריד חלק גדול מהחטופים למנהרות במטרה להשתמש בהם כמגן אנושי, וכדי למנוע מישראל לשחרר אותם במבצע צבאי. הפקודה שניתנה למחבלי יחידת הצל הייתה להרוג אותם ברגע שצה"ל יתקרב למנהרות או למבנים בהם החטופים הוחזקו, ואכן בכמה מקרים המחבלים הוציאו את החטופים להורג כשהכוחות התקרבו למקום שבו הוחזקו.
ידוע שהיו מקרים שצה"ל התקרב והחטופים הוברחו דרך המנהרות למסתור רחוק יותר. בישראל אומרים שמספר גדול של חטופים מוחזקים במנהרות מאז חודש נובמבר, כשהם קשורים רוב הזמן, סובלים מהפציעות שלא טופלו ומהתעללות של המחבלים ששומרים עליהם.
רוב המנהרות שצה"ל השמיד במהלך המלחמה היו "מנהרות אסטרטגיות". הצבא התמקד במנהרות מהסוג הזה, אחרי שהבינו את היקף פרויקט המנהור של חמאס. אחד הקצינים שאיתם שוחחנו אמר: "אין בישראל מספיק חומר נפץ להשמיד את כל המנהרות שבעזה".
מדובר במנהרות שנחפרו בעומק רב, כאלה שהתוואי שלהן היה ארוך במיוחד, וששימשו את חמאס למעבר בין חלקי הרצועה. גורמים בצה"ל טוענים שהצליחו להשמיד את רוב המנהרות האלה, אבל בצבא ובמערכת הביטחון יש גם מי שמדבר על פחות מ-60 אחוזים מהמנהרות האלה שהושמדו.
צה"ל ניסה מספר שיטות להשמדת המנהרות מלבד חומר נפץ, אבל רוב הפעולות האלה כשלו וסיכנו חטופים. בנוסף, למרות שמצאו אלפי פירים, צה"ל לא הגיע לכל המנהרות של חמאס, ולכן לא יכול היה להשמיד אותן על ידי חומר נפץ או כל אמצעי אחר.
כאמור, אין נתון מוסכם לגבי תוואי המנהרות שנשאר לחמאס. ההערכות מדברות על מאות בודדות של קילומטרים ועשרות רבות בתרחיש האופטימי. מדובר בעיקר במנהרות לחימה, שנבנו בתוך הערים ומחנות הפליטים. חלק מהן נפגעו מהאוויר או בפעילות הנדסית של צה"ל, אבל שוקמו אחרי שהכוחות עזבו את מרחבי הלחימה.
חמאס משתמש בהן כדי להציב מארבים לכוחות צה"ל, שהתקשו למצוא רבות מהן בגלל ההרס הרב שנוצר מעל לקרקע. בנוסף, הוא משתמש בהן להעברת אספקה לחוליות הגרילה מבלי להתגלות. לחמאס נשארו גם מנהרות אחסון שנחפרו מתחת לאדמה, במטרה להסתיר אמצעי לחימה ואת המחבלים עצמם.
לדברי גורמי צבא, חמאס נשאר ככל הנראה עם מאות קילומטרים של מנהרות, במיוחד כאלה שממוקמות בחלק הצפון מערבי של רפיח, חלקים מח'אן יונס, עזה העיר ומחנות המרכז, שם צה"ל לא תמרן כלל, למעט בפאות. שם גם ייתכן שמוחזקים חטופים. אם שמים בצד את המנהרות האסטרטגיות, שגם שם ההישג חלקי, הערכות הן שחמאס נותר עם כ-70 אחוזים מהמנהרות שהיו לו ערב המלחמה, ואף מעבר לזה.