"תמה האפליה", הכריז העיתון הצה"לי "במחנה" ב-1993. ההצהרה הגיעה על רקע החלטת צה"ל לבטל את הפטורים ואת ההקלות להומוסקסואלים. "נטייה הומוסקסואלית היא לגיטימית", הסביר קצין בכיר, באמירה שהיום נתפסת כמובנת מאליה, אך אז התקבלה כאמיצה. ארבעים שנה לפני כן, בתחילת שנות החמישים, נדונו במשפט צבאי שני חיילים לשנת מאסר, לאחר שהורשעו במשכב "שלא כדרך הטבע". במשפט טען פרקליטם כי ההומוסקסואליות אינה פשע, אלא מחלה. כן, זו הייתה טענת ההגנה.
המהפך הושלם רק ב-1998
בין היתר, הפך הנושא לכלי נשק מלוכלך במאבק על הרמטכ"לות. הרמטכ"ל המכהן רפאל איתן, שלא חיבב במיו חד את דן שומרון שהתמודד על כסאו, העביר לשר הביטחון משה ארנס ידיעות לפיהן שומרון הוא הומוסקסואל. מקור השמועה היה, ככל הנראה, הסכמתו של שומרון לקלוט ליחידתו רופא צבאי שהיה הומוסקסואל מוצהר ולא הצליח להיקלט בחיל הים.
שומרון הפסיד את הרמטכ"לות, וכעבור מספר שנים עלתה הטענה נגדו שוב, כאשר שב להתמודד על המינוי. הפעם דחו שר הביטחון יצחק רבין וראש הממשלה יצחק שמיר את הטענות, ומינו את שומרון לרמטכ"ל.
על רקע דבריו של פרופסור אבן הקים רבין ועדה, שהמלצותיה התקבלו ונוסחו כפקודת הקבע החדשה של צה"ל, ולפיה בוטלו הפטורים וההקלות להומוסקסואלים והיחס אליהם הפך לשוויוני. ב-1998 בוטלה גם פקודה זו, ולא נותר עוד בפקודות מטכ"ל רמז ליחס כלשהו שיש להעניק לחיילים בעלי נטייה מינית כזו או אחרת.
"אין שום סיבה שלא יהיה מ"פ, מג"ד ומח"ט הומו"
ההחלטה הרשמית של הצבא היוותה צעד משמעותי במאבק של ההומוסקסואלים על זכותם לשרת בצה"ל, אולם האפליה לא נסתיימה ממש באותו הרגע ולצבא נדרש זמן לעכל את התהליך. ב-2000 עדיין נרשמו שתי הדחות של חיילים וחיילות בעקבות קיום יחסי מין הומוסקסואליים ולסביים – אם כי צה"ל טען שההדחות נעשו בשל העובדה שהאקטים בוצעו בבסיסים צבאיים. שנה לאחר מכן סגר למשך שבועיים קצין חינוך ראשי, תא"ל אליעזר שטרן, את העיתון "במחנה" – אותו עיתון שבישר על קץ האפליה – לאחר שעל שערו הופיע קצין בכיר שיצא מהארון.
ובכל זאת, נדמה כי במקביל לשינוי שחל בחברה הישראלית ביחס להומוסקסואלים, גם צה"ל מגלה היום מדיניות סובלנית בהרבה. ב-1999 פנה חייל צה"ל למפקדיו בבקשה לשרת כחיילת, מכיוון שהוא "אישה לכל דבר, מלבד הגוף". באורח חסר תקדים, בקשתו אושרה. הוא הורשה ללבוש מדי חיילת, ושובץ בתפקיד השמור לחיילות. בהמשך נדחתה בקשתו לעבור ניתוח לשינוי מין במהלך השירות, והוא בחר לעזוב את הצבא.
ביוני 2009 פרסם "במחנה" ראיון נרחב עם רס"ן יהושע גורטלר, עוזר לפצ"ר חובש כיפה שהוא הומו מוצהר. "היום אנחנו במקום אחר לגמרי", הצהיר גורטלר. הוא סיפר כי בקו התמיכה של הקהילה הוא נתקל בחיילים רבים, לא מעט מהם קרביים. "אין שום סיבה שלא יהיה מ"פ, מג"ד ומח"ט הומו", אמר גורטלר. "אני בטוח שבקרוב נהיה במקום יותר פתוח, מקום שבו לא יהיו בכלל סימני שאלה".
ובינתיים, המצב עבור חייל קרבי הומוסקסואל נותר לא פשוט. ההוויה הגברית-מאצ'ואיסטית לא משתנה בן רגע בעקבות פקודה או הצהרה שמגיעה מהמטה. ב-2005 קבל חייל בנח"ל החרדי בפני נציב קבילות החיילים כנגד מפקדיו, שהתעללו בו, לדבריו, בעקבות נטייתו המינית. קבילות נוספות בסגנון זה – מפקד שהטיח בשניים מחייליו "חבל שלא נדקרתם במצעד הגאווה", או מפקד שאמר לפקודיו כי הומואים ראויים ל"סקילה, שריפה וגזר דין מוות" – המשיכו להצטבר על שולחנו של נציב הקבילות. למרות הפתיחות ההצהרתית, שירות קרבי עבור הומוסקסואל נותרה משימה לא פשוטה.