הפעימה השלישית של עסקת החטופים הסתיימה עם שחרורם של התצפיתנית שנחטפה ממוצב נחל עוז, אגם ברגר, והאזרחים גדי מוזס בן ה-80 וארבל יהוד בת ה-29. מוזס ויהוד, נחטפו והוחזק על ידי הזרוע הצבאית של הג׳יהאד האסלאמי שמכונה "פלוגות ירושלים" (אל קודס). זו הפעם הראשונה שהג'יהאד האסלאמי (גא"פ) משחרר חטופים שהוחזקו על ידו.
מעט מאוד מידע התפרסם במהלך המלחמה על הג'יהאד, שלא מוזכר במטרות המלחמה של ישראל, למרות שנלחם לצד חמאס והיה שותף מלא להונאה ולמתקפת הטרור של 7 באוקטובר. הג'יהאד האסלאמי נחשב לארגון הצבאי השני בגודלו ברצועת עזה ולפני 7 באוקטובר היו לו סביב 10-15,000 פעילים צבאיים, אלפי רקטות, טילי נ"ט ואמצעי לחימה נוספים.
בצה"ל התייחסו לג'יהאד כארגון עצמאי שמשתף פעולה עם חמאס אבל גם כארגון סורר. כך למשל בכתבה שהתפרסמה באתר הרשמי של צה"ל ב-23 במאי 2023, שנועדה להסביר על ארגון הטרור הזה, נכתב: "מדובר בארגון סורר וניצי, שמטרתו התנגדות למדינת ישראל". רק שבפועל, הג'יהאד האיסלאמי פעל לצד חמאס באופן מלא, היה שותף להונאה שהפעילו נגד ישראל לפני מתקפת 7 באוקטובר ונלחם לצידם באופן מלא לאורך כל המלחמה וגם לפניה.
לא ברור כמה ממחבלי הג'יהאד נשארו בחיים אחרי למעלה משנה של לחימה. ההערכה היא שמדובר בכמה מאות רבות וייתכן שגם מעבר לזה. גורם ביטחוני ששרת בעבר באחד מגופי המודיעין של ישראל אמר: "אף אחד לא יודע להצביע כל היקף סדר הכוחות שנשאר להם. מדברים על כ-2,000 מחבלים בהערכה, חלק כאלה ששרדו את המלחמה וחלק התגייסו במהלכה". בכל מקרה הוא הוסיף ש"צריך לספור אותם ככוח הלוחם של חמאס ברצועת עזה", כי הם נלחמים בתיאום שנעשה "בין השאר דרך חמ"לים משותפים, ששב"כ וצה"ל מנסים לאתר ולהשמיד".
פלוגות אל קודס של הג'יהאד נבנו בשנים האחרונות במתכונת דומה מאוד לזו של חמאס, כלומר גדודים וחטיבות. בכיר שב"כ לשעבר הסביר: "הזרוע מחלוקת לגדודים וחטיבות על בסיס אותם מרחבים שנבנו הגדודים של חמאס. אם בתל א-סולטן יש מג"ד של חמאס, אז יש לו מקביל גם בג'יהאד, יש מג"ד חמאס בזייתון ובאותו המקום מג"ד ג'יהאד. בעזה יש ריבון אחד וזה חמאס שמאפשר את המבנה הזה, כי זה מספק לו מסגרות לוחמות נפרדות ומקבילות בהקשרים של מידור, לוחמת גרילה ומתווים נוספים".
המשמעות של זה היא שכאשר צה"ל נכנס לעזה בתמרון הקרקעי, הוא נלחם נגד "שתי מסגרות פיקודיות מקבילות שפעלו בנפרד אבל בתיאום מלא", כפי שאמר קצין בפיקוד הדרום. "בתחילת המלחמה זיהינו שהם יצאו למתקפות משותפות על צוותי הקרב שלנו. בחודשיים הראשונים היו כמה מתווים שבהם החוליות שהסתערו היו מחמאס ומי ששיגרו נ"ט ורקטות כדי לסייע להם היו מהג'יהאד".
במשך שנים הקונספציה בישראל הייתה שחמאס הפך להיות מתון יותר וכיוון להסדרה כדי לשלוט בעזה ולהתכונן למלחמה בישראל, בזמן שהג'יהאד פעל מאינטרסים הפוכים ובהובלה איראנית. על פי אותה קונספציה הג'יהאד אפילו הפריעו לחמאס ולכן אלה לא סייעו להם במבצעים האחרונים שישראל יצאה אליהם בעזה, כשצה"ל מתמקד בלחימה שלו בג'יהאד האיסלאמי, כאמור לנוחות חמאס. יש לציין שבישראל לא עלו שאלות על צורת החשיבה הזאת ולא התקיים דיון רציני בנושא. כשהבינו את הטעות זה היה מאוחר מדי.
כארבע שנים לפני מתקפת 7 באוקטובר, הג'יהאד האסלאמי החל להשתלב באימונים של חמאס למתקפה. הם היו חלק מלא מאותם תרגילים, כולל הנוח'בות של הג'יהאד שהתאמנו בבסיסים של חמאס. שני הארגונים התאמנו יחד בפריצת המכשול בגבול ברצועה, בחטיפה של חיילים וכיבוש מוצבים ויישובים ישראלים.
בישראל יש חילוקי דעות עד כמה חמאס שיתף את הג'יהאד לגביי המועד המדויק של מתקפת 7 באוקטובר, אבל מעריכים שהם ידעו על עצם התוכנית, ואף שהיה להם תפקיד בגל השני והשלישי של המתקפה, דבר שעליו הם התאמנו. ההונאה של חמאס הצליחה בין השאר בזכות ההחלטה שלהם לא להצטרף לסבבי הלחימה של ישראל נגד הג'יהאד.
הכוח של הג'יהאד, שהיו מצוידים היטב, הגיע מהאיראנים שהיו למעשה הספונסר והמכווין שלהם. הקשר הראשון בין הג'יהאד האסילאמי לאיראנים נוצר בסוף שנות ה-80, אז מנהיג הארגון פתחי שקאקי שחוסל בהמשך על ידי סוכני מוסד ישראלים במלטה, פנה לאיראנים בבקשה שיסייעו לארגון שלו. די מהר טהרן החלה להזרים להם כסף, נשק והרבה ידע, מתוך כוונה להקים זרוע נוספת שתילחם נגד ישראל.
הקשר בין האיראנים לג'יהאד האסלאמי התחזק בשנת 2018 אז זיאד נח'אלה, מי שתמיד היה מקורב למשטר האיראני נבחר למנהיג הארגון. מרגע זה הגא"פ הפך לזרוע ביצועית מלאה של משמרות המהפכה שהזרימו להם אמצעי לחימה וידע במסגרת סיוע שמוערך באזור ה-30, 40 מיליון דולר כל שנה. בג'יהאד היו נאמנים לטהרן באופן מלא, בניגוד לפרוקסי אחרים שהשת"פ שלהם עם האיראנים היה על בסיס אינטרסים.
כאשר יחיא סינוואר יצא מהכלא הישראלי והפך למנהיג חמאס, הוא זיהה את הפוטנציאל של שילוב הגא"פ והסיוע האיראני, ובהמשך הוביל לשיתוף פעולה בין הארגונים וגם הקמת החמ"לים המשותפים במסגרת "חדר המבצעים הפלשתיני המשותף". למרות מצבם הקשה של שני הארגונים אחרי מלחמה ארוכה מול צה"ל, החמ"ל עדיין מתפקד. את זה רואים גם במסגרת המשא ומתן והעסקאות לשחרור החטופים.
כמו חמאס גם הגא"פ של היום רחוק מאוד מהיכולות שהיו לו ב-6 באוקטובר 2023. פעילים רבים ומוקדי ידע חוסלו, הזרוע הרקטית כמעט ולא קיימת וגם מערך הנ"ט חוסל ברובו. גורם מודיעיני אמר ש"הם חזרו לאחור בדומה לאחים שלהם מחמאס, הפכו להיות ארגון גרילה מבוסס חוליות מבוזרות, עם מעט נשק כבד ואמל"ח שהם שומרים ליום שאחרי המלחמה. מה שנשאר דומה לשנים שלפני, זה שמדובר בארגון ניצי ורדיקלי שלא ויתר על השאיפות שלו להשמיד את ישראל. חמאס למדו לשלוט בהם ולשתף אותם בתוכניות הגדולות. לא בטוח שזה יהיה המצב ביום שאחרי המלחמה או כשחמאס יאבד את הכוח שלו".
