אחת היחידות הכי ממודרות של חמאס היא יחידת הצל, האחראית לכאורה לשמירה על החטופים. חלק מפעילות היחידה הזו של חמאס נחשף כאשר ימ"מ ושב"כ הצליחו לחלץ בשלום את אלמוג מאיר ג'אן, אנדריי קוזלוב ושלומי זיו, מדירה במחנה הפליטים נוסיראת במבצע ארנון, על שמו של קצין הימ"מ רב-פקד ארנון זמורה ז"ל. השלושה הוחזקו בקומה העליונה בדירה של בני משפחת אל ג'מל, שהמשיכו לגור בקומה התחתונה של הבית.
בקומה העליונה היו החטופים עם השומרים שלהם מיחידת הצל, בתחתונה המשפחה ששיתפה פעולה עם חמאס והייתה מגן אנושי. בישראל הבינו שחלק מהחטופים מוחזקים במנהרות שנשמרות על ידי יחידת הצל. אחרים מוחזקים בדירות מסתור בלב האוכלוסייה האזרחית, והדבר לא מתגלה גם כאשר הם מוחזקים שם חודשים ארוכים ואף מעבר לשנה. זה קורה בזכות מידור קיצוני ונאמנות מלאה של השומרים, שנבחרים בקפידה.
בשיחות עם גורמי ביטחון ישראלים, הם העריכו שכמה מבין המחבלים שהשתתפו במסירה של שלוש החטופות ששוחררו בפעימה הראשונה לעסקה הנוכחית היו אנשי יחידת הצל והנוח'בה. במיוחד אלה שכלי הנשק שלהם נראו מתקדמים ושהסתירו את העיניים שלהם עם משקפי שמש והיו רעולי פנים. המחבלים שבווסט שלהם היו אזיקים.
עוד העריכו שמי שהיו עם החטופות ששוחררו ברכב שהוביל אותן לנקודות המפגש עם הצלב האדום, היו אנשי יחידת הצל. השאר היו מהגדודים הרגילים של חמאס. הציוד החדש, כולל כלי הרכב שבברור לא נפגעו והיו נקיים שלא ידעו מאיפה הם הגיחו, זהו דבר שמלמד על כך שהיחידה מצליחה לשמור על חשאיות מול גורמי המודיעין של ישראל גם אחרי למעלה משנה ושלושה חודשים של לחימה.
יחידת הצל של ארגון הטרור חמאס הוקמה ככל הנראה בשנת 2006, במקביל לחטיפתו של גלעד שליט. מחבלי היחידה הזאת היו מי ששמרו עליו מנותק מהעולם. בישראל התקבל מידע על פעילותה של היחידה, אבל המידע היה כללי ולא מדויק, מה שמנע מבצע צבאי לשחרורו של שליט.
רק עשר שנים מאוחר יותר, ב-2016 חמאס חשף באופן רשמי את דבר קיומה של יחידת הצל, במצעד צבאי, בערוץ הטלוויזיה של הארגון ובסרטון שבו נראו אנשיה לצד שליט.
הזרוע הצבאית של חמאס ערכה באותה שנה תהלוכה ומפגן ברפיח שבמהלכה נחשפה היחידה שתפקידה "לשמור על השבויים הישראלים". חברי היחידה נראו בתיעוד כשהם עומדים בכניסה לשני תאי מעצר בשם "כלא 4". בנוסף, יחידת הצל הייתה כפופה ישירות למוחמד דף, מפקד הזרוע הצבאית של חמאס שחוסל במלחמה התקיפה של מטוסי קרב.
המחבלים של היחידה הם גם מי שמחזיקים במשך שנים באברה מנגיסטו ובהישאם שעבאן א-סייד ובנוסף גם בגופותיהם של הדר גולדין (שאנשי היחידה הציגו את נשקו ב-2022 במצעד צבאי) ואורון שאול ז"ל שגופתו הוחזרה מעזה על ידי שב"כ ושייטת 13.
בעבר נטען שמי שפיקד על יחידת הצל היה באסם עיסא, מח"ט העיר עזה לשעבר ואחיו של מרוואן עיסא, שחוסל על ידי ישראל. לפחות באופן רשמי, לא ידוע מי עומד כיום בראש היחידה.
בסרטון מ-2006 נאמר כי תפקיד היחידה "לשמור על השבויים של האויב שנמצאים בידי גדודי אל-קאסם, להסתירם, ולסכל ניסיונות של האויב למצוא אותם", וכי אנשיה מקפידים "לנהוג בשבויים של האויב בכבוד, זאת לפי כללי האיסלאם, ולספק את צרכיהם, זאת כאשר היחס לאסירי ההתנגדות הנמצאים בידי האויב נלקח בחשבון". המחבל אבו-עוביידה, דובר חמאס, סיפר בסרטון שאנשי היחידה "נבחרים מכל הגדודים של הזרוע הצבאית".
לגביי השמירה בכבוד יש להוסיף שאכן היו חטופים ישראלים שדיברו על יחס הולם מצד השובים שלהם אבל היו גם לא מעט שחשפו את ההתעללות שעברו בזמן שהיו בשבי חמאס. גורמי בריאות בישראל חשפו מבלי להיכנס לצנעת הפרט, שחטופים ישראלים ששבו או חולצו משבי חמאס במהלך המלחמה, עברו התעללות פיזית ונפשית במשך זמן רב.
על פי פרסומים ברשתות ערביות, חברי היחידה אחראים גם על חקירת החטופים הישראלים והעברת המידע למודיעין ולבכירים של חמאס. הם דוברים עברית ואנגלית ובנוסף, בגלל הנאמנות לארגון, סביר כי חלק מהם גם אחראים על אבטחת בכירי הארגון המעטים שלא חוסלו, כמו מוחמד סינוואר.
בין המחבלים ביחידת הצל יש על פי הערכות גם נשים שתפקידן לשמור ולטפל בחטופות. סוגיה שעלתה בעקבות צילום מחבל\ת רעול/ת פנים במהלך עסקת החטופים הקודמת, שיצאה לפועל בנובמבר 2023.
גורמים בחמאס טענו שאנשי יחידת הצל הצליחו לסכל ניסיון לשחרור חטוף ישראלי על ידי כוח מיוחד של צה"ל במחנה הפליטים נוסיראת. לטענתם, יחידה מיוחדת של צה"ל נכנסה למחנה באמבולנס מקומי אבל נחשפה ולא הצליח לבצע את פעולת החילוץ. אין לטענה הזאת שום אישור ממקורות ישראלים.
נזכיר שהיו מעט מקרים שצה"ל ושב"כ הצליחו לשחרר בחיים חטופים ישראלים בחיים וגם גופות. במקרים בהם חטופים ישראלים נהרגו מפעילות צה"ל, נהרגו לצידם גם אנשי יחידת הצל, שגופותיהם נלקחו לבדיקה על ידי צה"ל ושב"כ.
ההערכה היא שמי שמפקד כיום על יחידת הצל של חמאס הוא מוחמד סינוואר שמונה לתפקיד בתחילת המלחמה, וכיום מפקד על חמאס אחרי שאחריו יחיא סינוואר חוסל במקרה על ידי לוחמי צה"ל. הם גם אלה שמאבטחים אותו ודואגים למידור הקיצוני סביבו.