בכדור הארץ יש אזורים שונים שתנאי הסביבה בהם דומים (למשל: מדבר חם ויבש, אזור ים תיכוני, אזור טרופי חם ולח) שבדרך כלל נוכל למצוא בהם הרכב דומה של בעלי חיים וצמחייה. מכלול כזה של בעלי חיים וצמחייה נקרא בִּיוֹם (biome), כגון ביום מדברי, ביום ים תיכוני וכן הלאה. בדומה למדבר או ליער הגשם, המתאפיינים במכלול שלם של יצורים, כך גם הגוף שלנו הוא ביום ומחזיק בתוכו מכלול של חיידקים, פטריות ויצורים מיקרוסקופיים אחרים. כל אלה יחד נקראים מיקרובִּיוֹם.
בהערכה גסה, מספר התאים של יצורים אחרים החיים בתוך גופנו בכל רגע ורגע הוא גדול פי 10 ממספר התאים שלנו-עצמנו. אנחנו נושאים איתנו למעלה מ-100 טריליון תאים של יצורים מיקרוסקופיים, המהווים כ-3-1 אחוזים ממסת הגוף שלנו. הרכב המיקרוביום שונה מאוד מאדם לאדם, ורק בשנים האחרונות מתחילה להתגלות חשיבותם של היחסים בינינו לבין המיקרואורגניזמים שבגופנו, שיכולים להשפיע על ההתפתחות, ההתנהגות ועל תהליכי מחלה כמו סרטן, אלרגיות והשמנת-יתר.
שינוי דוֹגמה
לפני כ-100 שנה קבע רופא הילדים הצרפתי אנרי טיסיה (Tissier) שתינוקות מתפתחים בסביבה סטרילית ורוכשים את החיידקים הראשונים שלהם כאשר הם עוברים בתעלת הלידה. רעיון "הרחם הסטרילי" עדיין קיים היום כתפיסה שממעטים לערער עליה, וההנחה היא שנוכחות חיידקים מסוכנת לעובר. ואכן, גילו שבלידות מוקדמות יש תדירות גבוהה של זיהום חיידקי בתוך הרחם. אך ההסתמכות על הממצא הזה בעייתית, משום שלא נעשו בדיקות דומות של נוכחות חיידקים ברחם בלידות תקינות שהתרחשו בזמן – בעיקר בגלל הדוֹגמה של "הרחם הסטרילי".
רק בשנים האחרונות הוכיחו מדענים כי חיידקים מסוגלים לעבור את השליה: נמצאו חיידקים בדם מחבל הטבור, במי השפיר וברקמות הגוף של תינוקות שנולדו במועדם ובלידה תקינה. כמו כן נמצא שהמֶקוֹניוּם (הצואה הראשונית של התינוק, שהיא בעצם מי שפיר שעברו את מערכת העיכול) גם הוא איננו סטרילי. ברבים מהמחקרים האלו, העדיפו החוקרים לחפש ולזהות DNA של מיקרואורגניזמים, כגון חיידקים, פטריות ונגיפים, ולא לזהות ישירות את היצורים עצמם.
חוקרים אחרים מתחו ביקורת על המחקרים האלה, שהצביעו על נוכחות חיידקים ברחם הסטרילי ובגוף היילוד על סמך רצפי DNA, וטענו כי קשה לדעת אם מדובר בתוצאה אמיתית או ב"תוצאה חיובית שגויה". כלומר, ייתכן שהדגימות עצמן כפי שהגיעו מהאם או מהיילוד היו סטריליות, אך הן זוהמו במהלך הבדיקות עצמן. תרחיש כזה אינו בלתי סביר: ידוע שהחומרים המשמשים להפקת DNA עלולים להכיל רמות נמוכות של DNA חיידקי. כמו כן, במחקרים רבים נמצא שהמיקרוביום של השליה לא היה שונה באופן משמעותי מהביקורת השלילית (כלומר מבחנות שעברו את כל שלבי הניסוי ונחשפו לכל החומרים ששימשו במהלך הניסוי, אך לא הייתה בהן שום דגימה – ולכן היו אמורות לתת תוצאה שלילית).
לפיכך, במחקר חדש, השתמשו החוקרים ב"קוטלי DNA" בכל החומרים שבאו במגע עם הדגימות, והוסיפו לתהליך הפקת ה-DNA שלב נוסף, שתרם לניקיון הדגימה מזיהום. כך הצליחו להביא את שיעור הזיהום שעלול לגרום לתוצאה חיובית שגויה לרמות אפסיות, והשיגו תוצאות מהימנות יותר. גם במהלך הניסוי המשופר הזה, זיהו החוקרים נוכחות DNA חיידקי בכל דגימות המקוניום שאספו, וכן ברוב דגימות מי השפיר. כך הם הראו שהרחם איננו סביבה סטרילית, והניסויים אישרו את החשד, שעלה ממחקרים קודמים, שהדוֹגמה הקיימת - שגויה.
חיידקים מההתחלה
טיסיה לא טעה לחלוטין, עם זאת. יש תרומת חיידקים מהאם לתינוק בזמן המעבר בתעלת הלידה, אף שהעובר והרחם לא היו סטריליים מלכתחילה. תינוקות שלא עברו בתעלת הלידה, אלא הוצאו בניתוח קיסרי, חסרים את החיידקים המסוימים האלו, וככל הנראה יש לכך השלכות. ידוע כי לילדים שנולדו בניתוחים קיסריים יש סיכוי גבוה יותר לחלות במחלות שמערכת החיסון מעורבת בהן, כגון קצרת (אסתמה), צליאק או סוכרת מסוג 1 – וחוקרים משערים שהסיכוי המוגבר הזה קשור לחוסר בחשיפה ראשונית לחיידקים הנמצאים באופן טבעי בתעלת הלידה. בדומה לכך, נראה כי חיידקים הנמצאים בחלב אם (שגם הוא נחשב בעבר לסטרילי) מעורבים בתהליכי ההתפתחות של המערכת החיסונית של היילוד, ובהגנה מפני התפתחות אלרגיות ואסתמה בשלב מאוחר יותר בחייהם.
באופן פרדוקסלי, התקדמות הטכנולוגיה הרפואית שמאפשרת הצלת חיים באמצעות ניתוחים קיסריים ופיתוח תחליפי חלב – תרמה ככל הנראה לעלייה בתחלואה במחלות כמו אסתמה וצליאק בעולם המערבי. אך הבנת חשיבותו של המיקרוביום שרוכשים תינוקות שנולדו בלידה רגילה במועד, ואשר ניזונו מחלב אם, הובילה לפיתוח תחליפי חלב המכילים תערובות פרוביוטיקה (תוספות חיידקים מועילים) שעשויות לעזור בבניית אוכלוסיות החיידקים הדרושות להתפתחות תקינה ביילודים. יש אפילו הצעה "לטבול" תינוקות שנולדו בניתוחים קיסריים בנוזלי הלידה – אך יעילות השיטה הזו עדיין מוטלת בספק. מכל מקום, חשיבותו הרבה של המיקרוביום עוד מראשית חיינו מתבהרת והולכת, ונראה שלא לחינם אנחנו נושאים איתנו טריליוני יצורים אחרים.