בדיון שהתנהל בבג"ץ הבוקר (ב'), בנוגע לפיילוט אשר היה אמור להתקיים למאגר הביומטרי דחה בית המשפט באופן חלקי את עתירתם של אנשי האגודה לזכויות האזרח. העותרים ביקשו מהמדינה לבחון מחדש של "ספר הניסוי" , אותו מסמך העוסק בפיילוט שאמור לבדוק את הקמת המאגר הביומטרי.
משמעות הדבר היא שאולי המאגר הביומטרי לא ייעצר אבל מעכשיו הכנסת צריכה לדון מחדש בפיילוט ולקבוע מדדים ופרמטרים מחודשים לתקופת הניסוי. למרות זאת, יכול משרד הפנים להתחיל את הניסוי הוולונטרי עוד לפני הדיון המחודש. הפיילוט צפוי להתחיל בשבועות הקרובים ובאגודה לזכויות האזרח כבר שוקלים לעתור שנית לבג"ץ על מנת להקפיא את הפיילוט עד שהכנסת תדון מחדש בכל פרטיו.
בג"ץ המליץ למדינה להכניס לספר הניסוי מדדים אשר יבדקו האם המאגר הביומטרי אכן עומד בקריטריונים, ובכך לא להפוך אותו לעוד חותמת גומי. בצורה כזאת, בתום הניסוי, יהיה גם ניתן לבחון מקרוב את הצלחת הפיילוט.
נזכיר כי העתירה הוגשה בפברואר האחרון על ידי פרופ' קרין נהון מביה"ס למידע באוניברסיטת וושינגטון ודורון אופק, מומחה לאבטחת מידע, יחד עם התנועה לזכויות דיגיטליות והאגודה לזכויות האזרח. בעתירה טוענים עורכי הדין יהונתן קלינגר מהתנועה לזכויות דיגיטליות ואבנר פינצ'וק מהאגודה לזכויות האזרח כי המאגר הביומטרי אינו הכרחי לצורך הנפקת תעודות חכמות או ביומטריות, מהווה פגיעה חמורה בפרטיות ודליפתו תגרום לנזק בלתי הפיך.
החוק המורה על הקמת המאגר הביומטרי התקבל בכנסת בדצמבר 2009, אך בעקבות מאבק ציבורי עיקש הוא הפך ל"פיילוט" או "ניסוי וולונטרי", שאמור לבחון את נחיצות המאגר ואת אופן השימוש בו. העותרים ביקשו לבטל את הצו המורה על הניסוי, וטענו שהוא יוצר בדיקה למראית עין בלבד, וכי התוצאות ידועות מראש.
לטענתם, הצו אינו מפרט את הנושאים שהכנסת ציוותה לבדוק, וממילא לא קובע את המדדים ואת הערכים שילמדו על הצלחת הבדיקות. הפיילוט "נתפר" על-ידי משרד הפנים ורשות האוכלוסין ומנוהל על ידם באופן שיאפשר להם להציג הצלחה למראית עין בלבד.
תחילת הדיון קבע הרכב השופטים, בראשות השופטת מרים נאור, כי העתירה נגד המאגר הביומטרי הקדימה את זמנה ועל העותרים להמתין עד לסיום הפיילוט כדי לעתור שוב. "החוק כולל בתוכו מנגנון אפשרי של הרס עצמי שאמור לבדוק את הצורך במאגר", אמרה השופטת נאור. בהמשך, טענו העותרים כי ספר הניסוי אינו בודק את נחיצות המאגר, אלא רק עניינים טכניים. על כך נאור שאלה - "למה לא מפרידים בין נושא תעודות הזהות לבין המאגר? למה אתם כל כך רוצים להיות אור לגויים? תקנו את הצו ונתקדם הלאה".
לבסוף פסקו השופטים, "מקובלת עלינו טענת המשיבים כי העתירה מוקדמת, וזאת לאור הוראת החוק הקובע פיילוט של שנתיים, במסגרתו ייבחנו מדדים להצלחתו ועוד. בתום תקופת המבחן, ממילא על פי החוק יש לבחון את נחיצות קיומו של המאגר. על כן העתירה נגד החוק מוקדמת היא".