"נינג'ה ישראל", תחרות הספורט הגדולה בטלוויזיה, מושכת אליה מדי שנה מאות ספורטאים וספורטאיות מקשת רחבה של גילאים, שלכולם מטרה אחת: לצלוח את מסלול המכשולים המאתגר ביותר בעולם.
המסלול מעמיד למבחן את סל הכישורים שהמתמודדים מביאים איתם: משיווי משקל (הגשר השבור, גשר המטבעות), דרך הכוח בידיים וברגליים (הקרוסלות, קפיצת העכביש) ועד לקואורדינציה (אומגת צעיף המשי).
בתוכנית, אותה מגישים אסי עזר ורותם סלע ומפרשנים ניב רסקין ורותם ישראל, מתחרים נציגים ממגוון ענפי ספורט: מטיפוס, קרוספיט ופארקור ועד לג'ימנספיט, שיטת עידו פורטל וסלקליין. עם זאת, התחרות מאפשרת גם למתמודדים שלא עוסקים בספורט מקצועי לעלות על המסלול. כדי לסיים אותו לא מספיק רק כוח פיזי, אלא דרושים גם נחישות וכוח רצון.
באתגר הנינג'ה אין הזדמנות שנייה: ברגע שמתמודד נופל לבריכה או נוגע במים, הוא נפסל מיידית מהתחרות ויאלץ להמתין עד לשנה הבאה כדי להתחרות פעם נוספת.
התחרות נפתחת עם שלב המוקדמות, בו המתמודדים מחולקים למספר מקצים. בכל מקצה, מתמקמים המתמודדים בטבלה לפי שקלול של המרחק אליו הגיעו במסלול והזמן שבו עשו זאת. בתום כל מקצה, המתמודדים שנמצאים בראש הטבלה ממשיכים לשלב הבא. במסלול המוקדמות צריכים המתמודדים לגבור על שישה מכשולים שונים כשבסופם יגיעו אל קיר בגובה 4.25 מטרים. לכל מתמודד שלושה ניסיונות בלבד לעבור את הקיר וללחוץ על באזר הסיום.
בשלב חצי הגמר המתמודדים צריכים להשלים מסלול בן שבעה מכשולים חדשים, שהאחרון שבהם הוא פיר המעלית שגובהו 8 מטרים. אל שלב הגמר מגיעים המתמודדים הטובים והמהירים ביותר, שיצטרכו לעבור ארבעה שלבים שונים עד לתואר הנינג'ה הנכסף. השלב האחרון והקשה מכולם הוא הר המידוריאמה, שמתנשא לגובה 23 מטרים. רק מתמודד אחד בכל עונה, הטוב מבין כולם, יקבל את ההזדמנות לטפס על ההר ולנסות להגיע לפסגה בתוך 30 שניות. אם יצליח, יזכה ברבע מיליון שקלים ובתואר הנינג'ה.
בעונה הראשונה ניצח יובל שמלא, אלוף ישראל בטיפוס, שהגיע לפסגת הר המידוריאמה אך עשה זאת בשתי שניות איחור, שגזלו ממנו את תואר הנינג'ה. אל המקום השני והשלישי הגיעו הקולגות מעולם הטיפוס, אלכס חזנוב ויפתח קושניר, ואת המקומות הרביעי והחמישי תפסו מתן בלו ואדם ברוטמן.
רק 11 מתמודדים מסביב לעולם ניצחו את הר המידוריאמה. האם העונה יגיע המתמודד שיהפוך לנינג'ה ה-12?