שנתיים וחצי אחרי חשיפת מסמך הרפז בחדשות 2 מפרסם מבקר המדינה יוסף שפירא את הממצאים הסופיים בפרשה שהסעירה את המדינה וקובע: התנהגותו של הרמטכ"ל לשעבר גבי אשכנזי בפרשה הייתה בלתי ראויה.
אשכנזי, כך נכתב בדוח, היה מודע לחומרים המכפישים שאסף עוזרו אל"מ ארז וינר על שר הביטחון אהוד ברק, לא הפסיק את הפעילות ואף גילה נכונות להמשיך ולקבל את המידע. "בכך נתן הרמטכ"ל דאז, רא"ל (מיל') אשכנזי, יד להמשך פעילות זו של אל"ם וינר. הדבר חמור במיוחד נוכח העובדה שהשר ברק הוא הדרג המדיני, שאליו כפוף הרמטכ"ל ישירות", פוסק המבקר ומעיר: "אי-הפסקת איסוף מידע זה, הנכונות לקבלו וקבלתו בפועל מהווים התנהגות בלתי ראויה".
מממצאי הביקורת עולה כי סא"ל בועז הרפז, שהיה חבר של הרמטכ"ל דאז אשכנזי ונשאר עימו בקשר טוב גם לאחר שחרורו מהצבא, מסר לאשכנזי כי ישנה תכנית של אנשים הקשורים לסביבת שר הביטחון ברק לפגוע בו, וכי הדבר מעוגן גם בכתב. בפברואר 2010 הפנה אותו אשכנזי לאל"מ ארז וינר, מאותו מועד, כך נכתב בדוח, ועד תחילת אוגוסט 2010 שיתף אל"ם וינר פעולה באורח פעיל, שוטף ומשמעותי עם הרפז באיסוף מידע בנוגע להתנהלות השר ברק וסביבתו והרמ"ט שלו יוני קורן, בהקשרים שונים של תהליכי עבודה של השר ברק ולשכתו.