האירוע החמור התרחש בערב פסח, סמוך לשעה 3:00 בבוקר, כאשר שני אלמונים הציתו את בית הכנסת העתיק באי קורפו, גרמו לשריפתם כליל של ספרי קודש רבים ומסמכים של הקהילה היהודית המקומית.
הבוקר הודיע משרד החוץ בירושלים כי ממשלת ישראל מצפה מהממשלה ומגורמי אכיפת החוק ביוון, למצות את הדין עם הנאשמים. "משרד החוץ מביע את צערו ומחאתו על הצתת ספרי קודש בבית הכנסת בקורפו, ועל הממשלה ביוון למצוא את האחראים, להעמידם לדין, ולהביא לכך שמקרים כאלו לא יישנו בעתיד". בהודעה נאמר כי משרד החוץ כבר יצר קשר עם גורמים ביוון והעביר להם מסר בנושא.
הצתה בליל הסדר
מחקירה ראשונית של האירוע, עולה כי המציתים פרצו לבית הכנסת בסביבות 3:00 לפנות בוקר דרך דלתו האחורית. הם ערמו את ספרי התפילה והמסמכים על הבמה, ואז הבעירו אותם. בשל השעה המאוחרת שבה התרחש האירוע, לא היו במקום מתפללים ולא נפגע איש. מי שהבחין באש שאחזה בבית התפילה, שהוקם במאה ה-19, היה שוטר שערך באותה השעה סיור והזעיק למקום את כוחות ההצלה.
הקהילה היהודית בקורפו מונה כ-100 איש. בשנה שעברה היווה בית הכנסת באי כרתים מטרה לפגיעה דומה, ומאות ספרים נדירים שהיו בו נפגעו גם כן מהצתה.