מועצת זכויות האדם של האו"ם קוראת לישראל לעצור באופן מיידי את הבנייה בהתנחלויות. ועדת חקירה שמינתה המועצה, בראשות השופט הצרפתי כריסטין שנט, קבעה שישראל מפירה את אמנת ג'נבה כשהיא מיישבת אוכלוסיה אזרחית בשטחים הפלסטינים הכבושים. ישראל לא משתפת פעולה עם הוועדה שמפרסמת את מסקנותיה בכל ארבע שנים.
רוצים לקבל עדכונים נוספים? הצטרפו לחדשות 2 בפייסבוק
"ישראל מוכרחה, בהתאם לסעיף 49 של אמנת ג'נבה הרביעית, להפסיק את כל הפעילויות בהתנחלויות ללא עיכוב - היא חייבת לפנות מיד את המתנחלים מהשטחים הכבושים", אמר השופט שנט, ראש הוועדה. ועדת החקירה העצמאית פעלה מירדן וראיינה יותר מ-50 בני אדם, שהעידו על אדמתם שהוחרמה ועל הנזקים שנגרמו להם בשל התנהגות המתנחלים, לדבריהם. בין היתר הם הזכירו מקרים של הפרות סדר אלימות ועקירת עצים במטעי זיתים שהיו שייכים להם.
בדוח נכתב שהוועדה קוראת לממשלות ולחברות פרטיות ברחבי העולם לשקול הטלת סנקציות – כלכליות ופוליטיות - נגד ישראל בעקבות הבנייה בהתנחלויות. "הוועדה קוראת לכל חברות המועצה לזכויות האדם של האו"ם לפעול על פי החוק הבינלאומי, בהתאם לאחריות שמוטלת עליהן בכל הנוגע ליחסים עם מדינה שמפרה את נורמות החוק הבינלאומי", נכתב בדוח. הוועדה גם מבקרת את החברות והממשלות שמשתפות פעולה עם ישראל, וטוענת שהן הופכות את הבעיה לחמורה עוד יותר.
ממשרד החוץ נמסר בתגובה לפרסום מסקנות הדוח כי "הדרך היחידה לפתור את כל הבעיות העומדות ותלויות בין ישראל לפלסטינים, כולל את סוגיית ההתנחלויות, היא באמצעות משא ומתן ישיר ללא תנאים מוקדמים. צעדים שתועלתם שלילית, כמו הדוח המונח לפנינו, רק יפגעו במאמצים למצוא פתרון בר קיימא לסכסוך הישראלי פלסטיני". עוד נמסר כי "למרבה הצער, המועצה לזכויות אדם הצטיינה מאז ומתמיד בגישתה החד צדדית והמוטה באופן שיטתי נגד ישראל, והדוח הנוכחי הוא עוד תזכורת עגומה לכך".
במרס 2012 הודיעה ישראל שהיא לא משתפת פעולה עם ועדת האו"ם, זאת בעקבות הקמת ועדת החקירה המיוחדת לחקירת פעולות ישראל בשטחים והשפעתם על הפלסטינים. ישראל האשימה את האו"ם בגישה אנטי-ישראלית, ובמשרד החוץ טענו שהמועצה לזכויות האזרח של האו"ם בג'נבה מעבירה החלטות נגד ישראל, יותר מההחלטות נגד כל שאר מדינות העולם.