במקביל לירי 9 רקטות ששוגרו הלילה (בין שלישי לרביעי) מרצועת עזה לישראל - עימותים אלימים בין כוחות הביטחון לבין פלסטינים בהר הבית, בקלנדיה, בשכם ובמזרח ירושלים. 350 בני אדם התבצרו הלילה במסגד בהר הבית, בהם רעולי פנים ומיידי אבנים, כך נמסר מהמשטרה. לאחר כמה שעות, נרגעו הרוחות במקום. ביקורי היהודים מתנהלים בשקט יחסי למעט קריאות של מתפללים מוסלמים.
המתבצרים הכניסו לתוך המסגד זיקוקין, מקלות ואבנים והתבצרו באמצעות ברזלים, ארונות וחפצים נוספים, החלו בקריאות הסתה והתפרעות בתוך המסגד, ונעלו את דלתותיו מבפנים עם מכשולים וביצורים בפתחים. שוטרים שפרצו למסגד נאלצו להשתמש נגדם ברימוני הלם בכדי לאפשר את התפילה כסדרה, ולמנוע הפרת סדר אלימה.
שוטר אחד נפצע ברגלו כתוצאה מאבנים, ושוטר נוסף נפצע ברגלו מזיקוק שנורה לעברו בכינון ישיר. כל המתבצרים שנעצרו הלילה הועברו לתחקור במפקדת החקירות המשימתית של מחוז ירושלים. בסיום הפינוי הכוחות יצאו מהר הבית, ובוצע ניקיון של המסגד. לפנות בוקר התקיימה בהר הבית תפילה כסדרה, ולאחריה עשרות החלו בקריאות הסתה ברחבת הר הבית.
בתגובה להפרות הסדר ולשימוש של כוחות הביטחון ברימוני הלם, סעודיה גינתה את "התוקפנות של המשטרה במסגד אל-אקצה", ובירדן הפגינו עשרות מול שגרירות ישראל בעמאן במחאה על פעולות המשטרה. באום אל-פחם נערכה לפני זמן קצר הפגנה, שבה נשמעו קריאות "לא ניתן שיפגעו במסגד אל-אקצא".
גורמים פלסטיניים מדווחים כי בשכם התרחשו חילופי אש בין חמושים לבין כוחות הביטחון, לאחר שצה"ל כיתר בית במרכז העיר. דובר צה"ל התיר לפרסם מוקדם יותר כי במהלך הפרת סדר אלימה שהתפתחה בכפר בית אומר שבחטיבת עציון נפצע לוחם צה"ל כתוצאה מירי ופונה לבית החולים.