מפרוץ המלחמה הפך יחיא סינוואר, מנהיג חמאס ברצועת עזה, למטרה עיקרית עבור מערכת הביטחון הישראלית. במשך כשנה התחמק ממצוד נרחב, תוך שהוא מתחבא בעומק המנהרות ונע בין ח'אן יונס, רפיח ותל א-סולטאן. למרות הקמת צוותים מיוחדים לאיתורו, סינוואר הצליח להימלט שוב ושוב. המרדף הסתיים שלשום בהיתקלות בתל-סולטאן שברפיח, כאשר טעות קריטית - עלייתו מעל פני הקרקע - הובילה לחיסולו של האיש שעמד מאחורי טבח 7 באוקטובר.
המרדף אחר סינוואר החל כאשר השב"כ עלה על עקבותיו בח'אן יונס. הכוחות סגרו בזהירות על האזור, תוך הקפדה על מניעת פגיעה בחטופים. היחידה המבצעית של השב"כ, יחד עם כוחות מיוחדים של צה"ל, החלו בפעולות מורכבות בתוך מערכת המנהרות, תוך שימוש בטכנולוגיה מתקדמת. במקביל, חוקרי השב"כ הצליבו מידע מחקירות של עצורים, כולל אנשים שהיו מעורבים בחפירת המנהרות.
בשלב מסוים הגיעו לוחמי צה"ל לחדר שבו שהה סינוואר, שעות ספורות לאחר שנמלט משם. בעקבות זאת, החל סינוואר בתנועה מערבה לכיוון ח'אן יונס. השב"כ כיוון את התמרון של צה"ל לשם. הכוחות הגיעו לתוואי תת-קרקעי חשוד באזור שסינוואר השתמש בו והבינו שפניו לרפיח.
בפברואר הגיעו האמריקנים לישראל בניסיון למנוע כניסה של צה"ל לרפיח. השב"כ הסביר להם שהבכירים נמצאים שם, וכי ללא כניסה לרפיח לא יהיה אפשר לחסל אותם ולעולם לא נוכל להגיע לעסקה לשחרור החטופים. האמריקנים השתכנעו וצה"ל נכנס לרפיח. בשלב הבא, התמקד מאמץ מערכת הביטחון בהגעה לתל א-סולטאן, אחרי שצה"ל הכניע את גדוד שבורה וגדודים נוספים של חמאס באזור.
במהלך הפעילות ברפיח, ב-31 באוגוסט 2024, נרצחו ששת החטופים הישראלים במנהרה. ממצאים פורנזיים העידו כי סינוואר היה במקום, וייתכן שהוא זה שנתן את ההוראה להוציאם להורג. השב"כ התעקש להמשיך בפעילות באזור ולמקם מארבים בחלק הצפון-מזרחי, לכיוון ח'אן יונס.
הרגעים האחרונים של המרדף התרחשו כאשר סינוואר עלה מעל לפני הקרקע. ביום רביעי, ערב החג, בסביבות השעה עשר בבוקר, זיהה כוח צה"ל דמויות חשודות באחד המבנים ההרוסים. בשלב זה החל קרב היריות, במהלכו נפצע סינוואר בידו. למרות פציעתו, הצליח להימלט לזמן קצר למבנה אחר. לאחר סריקות נוספות, זוהתה שלולית דם טרייה באחד המבנים. הכוחות השליכו רימונים וירו פגז על המבנה, ובבוקר שלמחרת נמצאה גופתו של סינוואר.
ההערכה בישראל היא כי השמדת התשתיות בח'אן יונס ובתל-סולטאן הביאה את סינוואר למצב של ניתוק מיכולותיו ומתנאים בסיסיים, מה שהוביל בסופו של דבר לטעות הקריטית שלו כשעלה אל מעל פני הקרקע.