בג"ץ דחה לפנות בוקר (ראשון) את העתירות שהוגשו נגד עסקת החטופים. "זהו אחד מן המקרים שבהם ברור קוצר ידו של המשפט", כתבו בפסק הדין השופטות דפנה ברק ארז, יעל וילנר ורות רונן. "לבנו עם המשפחות של מי שאינם שבים עדיין, כמו גם של מי שרואים את רוצחי יקירהם יוצאים מבתי הכלא ועיניהם כלות. לצד זאת, עוד עומדת התקווה שאכן ישובו בנים ובנות לגבולם".
העתירות נגד העסקה הוגשו על ידי פורום בוחרים בחיים - הוריה של סגן שיר חג'אג' ז"ל שנהרגה בפיגוע דריסה בארמון הנציב, וע"י ארגון אלמגור ועו"ד מאיר סחיווסחורדר - ששכל את הוריו ושלושת אחיו הקטנים בפיגוע במסעדת סבארו.
העתירות תקפו את ההחלטה לשחרר כ-2,000 אסירים ועצירים וטענו כי מדובר בחוסר סבירות קיצוני שעלול להוות סיכון ביטחוני - שכן האסירים עשויים לחזור ולפשוע בעתיד, בדומה למחבלים ששוחררו בעסקת שליט. כמו כן, בעתירה של פורום בוחרים בחיים ביקשו העותרים מהמדינה לפרט בהרחבה מי הם האסירים שעתידים להשתחרר, כולל מה הם השמות של מי שנפגעו מהם ומה בדיוק הם ביצעו ומתי.
השופטות כתבו בפתח הכרעתן כי "הסוגיה שהונחה לפנינו היא רגישה וכואבת במישור החברתי והאנושי. היא נוגעת ישירות בפצעים הפתוחים ברקמת החיים במדינת ישראל", אך הוסיפו כי "המסקנה היא חד-משמעית - דינן של העתירות להידחות. כל זאת מבלי לגרוע מכך שההכרעה המשפטית החותכת אינה מבטלת את החששות למה שצופן העתיד".
הן ציינו כי ההחלטה על העסקה היא בתחום המובהק של שיקולים של הדרג המדיני שבהם בית המשפט לא נוהג להתערב, כפי שהיה בעסקאות קודמות. ואולם, כתבו כי תשובת המדינה בנוגע להיקף המידע שמפורסם על זהות האסירים, המעשים שביצעו וכן האופן שבו המשפחות השכולות קיבלו הודעה על שחרורם הצפוי - מניחה את הדעת.