שני עדי תביעה מרכזיים שנחקרו בשב"כ, וסייעו להפללתם של ראש ארגון הפשע סמיר בכרי וסגנו מוחמד פאחורי, החליטו לשתוק בעדותם בבית המשפט ולא לענות לשאלות התביעה. לבקשת הפרקליטות, השניים יוכרזו כעדים עוינים בעקבות זאת.
השניים גם סירבו לענות לשאלות הסנגורים של בכרי ופאחורי, עורכי דין הדין יהלי שפרלינג ודורון נוי. בשלב זה, התביעה דורשת שעדותם בפני חוקרי השב"כ היא זו שתקבע ויש לקבל אותה במלואה. בית המשפט טרם הכריע בסוגיה זו.
מ', אחד העדים המרכזיים בתיק, טען כי נחקר במשך 30 יום על ידי חוקרי שב"כ בתנאים קשים. "צעקו עליי שאני מחבל ושפתחתי מלחמה עם השב"כ", טען העד, "בחלק מהחקירות קשרו לי את העיניים ואזקו אותי בידיים וברגליים. הכניסו מחבלים לתא שלי בכלא שקמה כדי שאספר להם מי ביצע את הירי, מסרתי פרטים לא נכונים רק שיעזבו אותי".
פאחורי ובכרי נאשמים כי שכרו אנשים לפגוע במועמד לראשות עיריית נצרת. במסגרת הפרשה, המועמד ושני קרובי משפחתו נפגעו מהירי. כתב האישום נגד השניים בוסס על שני העדים שהפלילו אותם. אלא שבמהלך המשפט התגלו קשיים ראייתיים בעדויות, ולא בטוח שהתביעה תוכל לבסס הרשעה מוחלטת נגד השניים או לחלופין תצטרך להגיע להסדר טיעון עם הסנגורים.