הסוגיה של אלנקווה עם האיגוד החלה בסוף העונה שחלפה. בתאריך 23/05/16 נכח השופט בדיון ישיבת וועדה מקצועית שבה הוחלט להגיש עתירה במטרה לגרוע אותו מסגל השופטים. במהלך הוועדה נטען כי בהתאם לתקנון אם שופט שפט 4 שנים באותה הליגה ולא התקדם, לוועדה יש סמכות לגרוע אותו מסגל השיפוט.
למרות ההחלטה שהתקבלה ע"י חברי הוועדה, החליט אלנקווה להילחם על מקומו ושלח מכתב ליו"ר ההתאחדות, עופר עיני. במכתב הציג השופט כשלים, לטענתו, וכי הדרישה להדחתו מסגל השיפוט אינה מקצועית. "בסיום עונת 2014/15 נאמר לי כי סיימתי את העונה במקום ה-5", טען השופט והוסיף: "ואילו הייתי מסיים את העונה במקום הראשון או השני הייתי עולה לליגת העל. קיבלתי את הדירוגים והופתעתי לגלות שסיימתי במקום השני בדירוג".
במכתב חוזר שנשלח לאלנקווה ע"י עוזי יצחקי, יו"ר איגוד השופטים, הוסבר לו כי הדרישה לגרוע מסגל השופטים הבכיר התקבלה על רקע מקצועי בלבד. לאחר שקיבל את המכתב החליט לפנות לבית הדין העליון של ההתאחדות לכדורגל ולהציג בפניהם את המתרחש. לאחר בחינת הממצאים, בצעד חסר תקדים החליט אתמול בית הדין העליון כי השופט יחזור באופן מיידי לסגל השיפוט הבכיר, ועל האיגוד לשבץ את אלנקווה כשופט מן המניין במשחקי ליגת העל.
"מטרות האיגוד מוגדרות בפרק א' לתקנון היסוד של האיגוד ובהן, מצויות חובות ומטרות האיגוד: לטפח, לשמור ולהגן על זכויותיהם של חבריו", כך נימק בית הדין את ההחלטה שקיבל. "האיגוד בחר להפר ולרמוס ברגל גסה הוראות התקנון המהווה כידוע הסכם בינו לבין חבריו". "המלצת הוועדה המקצועית ניתנה בלא הנמקה וזאת בניגוד לחובת ההנמקה המוטלת עליה ומבלי שהתבססה על קריטריונים ברורים ומובהקים המצדיקים הרחקתו בפועל של העותר משורות האיגוד".
בית הדין הסביר בנוסף: "העותר יטען כי שפט בעונת המשחקים האחרונה בארבעה משחקים בליגת העל – וציוניו במשחקים אלה היו טובים ואף מעבר לכך ומכאן תמוהה עוד יותר המלצה הוועדה המקצועית כי "לא התקדם"".
מתברר כי אחד מהתנאים של הוועדה מסביר שחבר ועדה שלא צפה בעונה החולפת לפחות באחד מהמשחקים בהם שפט השופט לא יוכל לבצע דירוג בסוף השנה. בית הדין התייחס וטען: "שניים מבין חבר הוועדה המקצועית אשר חרצו גורלו לשבט, דני קורן ושי לנקרי לא צפו ולא ביקרו איכות העותר כשופט כדורגל אף לא במשחק אחד ומכאן שהיו מנועים מלכתחילה מלדרג איכותו כשופט בטבלת איכות השיפוט של השופטים".
"מנכ"ל האיגוד מתנהל בדרך פסולה ואסורה עת הינו מתערב בשיקוליהם של מבקרי השופטים. איגוד השופטים כשל בהתנהלותו במערכת יחסיו עם העותר. האיגוד הפר הפרות גסות את תקנוניו", כך סיכם בית הדין.
תגובת איגוד השופטים: "הטענות שמועלות בכתב התביעה משוללות כל יסוד. לא נרקם דבר נגד אלנקווה, הוא קיבל את כל התנאים כדי להצליח ואיש מאיגוד השופטים, ודאי המנכ״ל עו״ד יריב טפר, לא פעל נגדו בגלוי או במחשכים. השיקולים היו, הנם ולעולם יהיו מקצועיים בלבד, והאשמות מהסוג הזה הן מפלטו של מי שמנסה להאחז בקרנות המזבח. העובדות, ולא טענות הסרק, הן שיתבררו בבית הדין העליון".
