אחרי ששימש כעוזר המאמן בצסק"א מוסקבה דן שמיר עשוי לחזור בעונה הבאה לישראל. אלא שיכול להיות שהמאמן המוערך יקבל ג'וב מעט מפתיע. לאתר ערוץ הספורט נודע כי שמיר נמצא במו"מ מתקדם מול הפועל אילת מליגת העל.
המגעים בין הצדדים כבר הגיעו לשלב בו המאמן בודק אפשרויות לעבור לעיר הדרומית ומכין את עצמו לאופציה הזו. בנוסף באילת רוצים שהשנה המאמן יגור בעיר ויהיה קרוב לאירועים, בניגוד להתנהלותו של עודד קטש בעונה האחרונה.
בעונת 2006/7 שמיר התחיל את דרכו כמאמן ראשי בליגת העל. הוא מונה למאמנה של הפועל ירושלים והוביל אותה לזכייה בגביע המדינה ולגמר הפיינל פור של ליגת ווינר. עונה לאחר מכן הוא זכה שוב בגביע, אך התפטר בסופה.
ב-2008/9 הוא עשה את צעדיו הראשונים ברוסיה כאשר מונה לעוזר המאמן של דייויד בלאט בדינמו מוסקבה לאחר מכן חזר ארצה ומונה למאמןנה של בני השרון. ב-2011 הוא עמד על הקווים בהפועל חולון וביוני 2013 הוא מונה לעוזר המאמן של אטורה מסינה בצסק"'א מוסקבה
