שלושה חודשים לאחר הניסיון לקבל את תמיכת רבני הציונות הדתית בפקודת השירות המשותף, חל מפנה אצל הרב הצבאי הראשי. במפגש עם ראשי ישיבות הסדר, העביר הרב קרים ביקורת על כמה סעיפים בפקודה, והבהיר לראשי הישיבות כי עמדת הרבנות הצבאית היא שיש לעדכן ולשנות את "רוח המפקד" של הפקודה, שמשתמע ממנה כי יש להימנע ככל האפשר מהפרדה בין חיילים לחיילות. באותו מפגש אמר הרבצ"ר כי לא ירפה מן הדרישה לשחרר קצין דתי מיחידה מעורבת וכי יש לפטור את החיילים גם מפעילויות חינוך מעורבות, ולא רק מפעילויות הווי ונופש. זאת בניגוד ל"גילוי הדעת" שבו טען הרבצ"ר כי דרישות הרבנות הצבאית בנושא זה התקבלו במלואן.
בודד במערכה
חצי שנה חלפה מאז הוציאה לשכת הרב הראשי לצה"ל מכתב תמיכה בפקודת השירות המשותף וניסתה להחתים עליו רבנים. בין השאר נכתב בו כי "אין עוד מקום לביקורת בציבור נגד הפקודה החדשה ואנו תקווה כי היא תמומש בשטח ככתבה וכלשונה". המכתב נשלח על ידי הרבצ"ר עצמו לרבנים בולטים בציונות הדתית ובכללם רבו של הרב קרים, הרב שלמה אבינר, וראשי המכינה הישיבתית "בני דוד": הרב אלי סדן והרב יגאל לוינשטיין. כל הרבנים שהתבקשו לחתום סירבו.
גילוי הדעת שנחשף כעת לציבור בפעם הראשונה אומר כי "הרבנות הצבאית הראשית הייתה שותפה מלאה בניסוח הפקודה". מנוסח המכתב עולה כי הרב אייל קרים היה בסוד העניינים ושותף מלא לניסוח פקודת השירות המשותף. עובדה זו הוכחשה לאחר מכן על ידי גורמים בלשכת הרבצ"ר שטענו כי הרב קרים לא חתום על הפקודה וכי הוא לא היה מאשר פקודה שכזו.
הרבנים שהתבקשו לחתום הביעו ביקורת על הכתוב, ובהמשך אף תקפו, כזכור, את פקודת השירות המשותף ואת התהליכים המתרחשים בצבא.
הרחק מעיני המצלמות נפגשו ראשי ישיבות עם הרמטכ"ל וניסו להגיע עמו להבנות בנוגע לשינוי הפקודה ולהסדרה מחדש של ההפרדה הראויה בין חיילים לחיילות בצה"ל. למרות הבטחות הרמטכ"ל, הפקודה נותרה ללא שינוי והמציאות בשטח אף נותרה כשהייתה. המתח בין הצבא לציונות הדתית הגיע לשיא כאשר פורסמה עצומת רבנים המזוהים עם האגף הליברלי והמתון בציונות הדתית, ובה הם קובעים כי אסור לשרת ביחידת שדה מעורבת. בעקבות הסערה שחוללה העצומה נפגשו הרבנים שנית עם הרמטכ"ל, שהבטיח לטפל באופן אישי בתיקון הליקויים ובהכנסת התאמות ל"שירות המשותף".
הרבנים הצבאיים נגד הבוס
רבנים צבאיים בקבע ובמילואים מעבירים ביקורת קשה על התנהלות הרב קרים בסוגיה זו. רב צבאי בכיר אומר למאקו יהדות: "עצוב לראות שהרבצ"ר אישר את הפקודה בלי לדקדק בסעיפיה ובלי להבין את ההשלכות החמורות שלה, ושרק בעקבות הלחץ הציבורי מחוץ לרבנות הצבאית הוא הבין את הבעייתיות, ועכשיו כבר קשה מאוד לתקן. אם אנחנו רוצים שהציבור יחשיב את הרבנות הצבאית כפוסקת יחידה, היא לא יכולה להרשות לעצמה להתנהל בצורה הזאת".
הרב עמיחי אליהו, יו"ר עמותת צו אחד שפועלת לחיזוק החיילים הדתיים בצבא, סבור כי רבנות צבאית חלשה פוגעת בראש ובראשונה בלכידות הצבא: "העובדה שאת המאבק על נוסח הפקודה נאלצים לנהל עמותות ציבוריות וראשי ישיבות במקום הרבנות הצבאית היא ודאי לא מציאות אידיאלית וצר לי שהגענו למצב הזה".
צה"ל מרגיע: לא חל שינוי עקרוני
גורם צבאי בכיר מסר כי בניגוד לנטען, הרב קרים מעולם לא הכחיש בפני רבנים או בפני גורם אחר כי הוא עומד מאחורי ניסוח הפקודה וכי היא טובה מאוד בעיניו.
לא חל שינוי עקרוני בעמדתו החיובית של הרב קרים ביחס לפקודה, אך בעקבות הביקורת הנרחבת של רבני הציונות הדתית על מספר סעיפים שנובעת כנראה מחשדנות כלפי המפקדים, הרב קרים קיבל את עמדתם ודרישתם. בנוגע ל"רוח המפקד" של הפקודה, הרב קרים לא עסק בסעיף זה מלכתחילה כי לדעתו הסעיפים החשובים הינם הסעיפים היישומיים ולא הסעיפים ההצהרתיים.